结论：在医疗事故司法鉴定中，若患者拒绝切片做病理检查，而司法鉴定机构出具了推理报告，其合法性需根据具体情况来判断。一般来说，如果鉴定机构在报告中充分说明了因患者拒绝检查而导致的鉴定局限性，并基于现有证据进行了合理推断，那么该报告可能具有一定的合法性；但如果鉴定机构未充分说明情况或推断不合理，则该报告可能存在合法性问题。

详细分析：

1. 患者拒绝切片做病理检查的影响：

   • 病理检查是医疗事故鉴定中的重要环节，它能够提供关于疾病性质、病变程度等关键信息，对于确定医疗行为是否存在过错以及过错与损害后果之间的因果关系至关重要。
   • 如果患者拒绝切片做病理检查，鉴定机构将无法获取这些关键信息，从而可能影响鉴定的准确性和全面性。

2. 司法鉴定机构的责任：

   • 鉴定机构在接到鉴定委托后，应依法、独立、客观、公正地进行鉴定。
   • 在患者拒绝切片做病理检查的情况下，鉴定机构应充分告知患者及其家属拒绝检查可能带来的后果，包括鉴定结果的局限性和可能的不准确性。
   • 鉴定机构应在报告中明确说明因患者拒绝检查而导致的鉴定局限性，并基于现有证据进行合理推断。

3. 推理报告的合法性判断：

   • 合法性存在的情况：如果鉴定机构在报告中充分说明了因患者拒绝检查而导致的鉴定局限性，并基于现有证据（如病历资料、影像学检查等）进行了合理推断，且推断过程符合医学和法学原理，那么该报告可能具有一定的合法性。
   • 合法性存在问题的情况：如果鉴定机构未充分说明情况，或者推断过程缺乏合理依据，甚至存在主观臆断或偏袒一方的情况，那么该报告可能存在合法性问题。此时，患者或其家属有权对鉴定报告提出异议，并申请重新鉴定或寻求其他法律救济途径。

4. 法律建议：

   • 对于患者或其家属而言，如果认为鉴定报告存在合法性问题，应及时向鉴定机构提出异议，并要求其进行解释或修正。
   • 如果鉴定机构拒绝解释或修正，患者或其家属可以向相关部门（如司法行政部门）投诉或申请重新鉴定。
   • 在整个过程中，患者或其家属应保留好相关证据（如鉴定报告、异议书、投诉材料等），以便在后续的法律程序中维护自己的合法权益。

后续行动建议：

• 如果您或您的家人遇到了类似情况，且对鉴定报告的合法性存在疑问，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供详细的法律分析和建议，帮助您维护自己的合法权益。