销售假药的违法所得计算，主要依据的是行为人因实施违法行为所获得的全部收入，且在计算时一般不扣除成本。以下是对此问题的详细解析：
一、违法所得的定义
根据《中华人民共和国药品管理法》及相关法律法规，违法所得是指行为人因实施违法行为所获得的全部收入。在销售假药的情境中，这通常包括销售假药所取得的全部销售收入，可能还包含因销售假药而额外获得的诸如运输费、包装费等相关费用（若这些费用已包含在销售款项内）。
二、违法所得的计算方法
直接法：
- 定义：通过查证销售记录、收款凭证等直接证据，确定销售假药的具体金额。
- 适用情况：适用于有完整销售记录和收款凭证的案件。
- 示例：若某药店销售了价值10万元的假药，且有相应的销售记录和收款凭证，则这10万元即为违法所得。
间接法（推定法）：
- 定义：当无法直接获取销售记录或收款凭证时，通过其他相关证据进行推定。
- 适用情况：适用于销售记录不完整或无法获取的情况。
- 具体方法：
- 根据进货价格、销售价格及库存数量推算销售金额。
- 参考同类产品的市场价格和销售情况。
- 结合行为人的供述和其他证人证言。
- 示例：若某药店的假药进货价格为每盒50元，市场售价为每盒100元，且库存减少数量为200盒，但无具体销售记录，则可推定其违法所得为200盒×100元/盒=20,000元。
混合法：
- 定义：结合直接法和间接法的优点，对部分有直接证据的销售金额采用直接法计算，对无直接证据的部分采用间接法推定。
- 适用情况：适用于部分销售记录完整，部分销售记录缺失的案件。
三、计算过程中的注意事项
证据收集与审查：
- 确保所有用于计算违法所得的证据均合法、有效。
- 对证据的真实性、关联性和合法性进行严格审查。
合理扣除成本的问题：
- 一般原则：在计算违法所得时，一般不考虑扣除销售过程中的成本支出，因为销售假药本身就是违法的，其成本不应被扣除。这一原则在《最高人民法院、最高人民检察院关于办理危害药品安全刑事案件适用法律若干问题的解释》中得到了明确体现。
- 特殊情况：虽然一般情况下不扣除成本，但如果存在特殊情况，如行为人能够证明某些成本支出与违法行为无直接关联，且符合相关法律规定，那么在计算违法所得时可能会考虑适当扣除。但这种情况较为罕见，且需严格审查。
专业评估与鉴定：
- 对于复杂或争议较大的案件，可聘请专业机构进行评估或鉴定。
- 专业机构的意见可作为法院认定违法所得的重要参考。
遵循法律程序：
- 计算过程应遵循法定程序和证据规则。
- 确保当事人的合法权益得到保障，如知情权、申辩权等。
四、法律后果
销售假药是严重的违法行为，不仅会对患者的身体健康造成极大危害，还会破坏药品市场的正常秩序。因此，对于销售假药的行为，我国法律将给予严厉的打击和处罚，包括但不限于追缴违法所得、罚款、拘留甚至刑事追究等法律责任。
总结来说，销售假药的违法所得计算应遵循相关法律法规和司法解释的规定，确保计算的准确性和公正性。同时，执法机关也应加强调查取证工作，严厉打击销售假药的违法行为，维护药品市场的正常秩序和患者的合法权益。如果您在销售假药违法所得计算方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。