违章建筑的鉴定主要由多个部门根据各自职责和权限进行，具体如下：

1. 城乡规划主管部门

   • 适用范围：主要负责城市、镇规划区内建筑物、构筑物等工程建设的规划管理。对于未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定进行建设的建筑物，城乡规划主管部门有权进行认定并作出处理决定。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
   • 实例说明：如城市居民未经许可搭建阳光房，城乡规划主管部门将依据城市规划进行鉴定。

2. 乡镇人民政府

   • 适用范围：在乡、村庄规划区内，乡镇人民政府负责认定违章建筑。对于未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定进行建设的建筑物，乡镇政府有权进行认定和处理。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
   • 实例说明：如乡村村民未经许可建设养殖场，乡（镇）人民政府将依据乡村规划进行鉴定和处理。

3. 自然资源部门

   • 适用范围：自然资源部门对涉及非法占用土地（如耕地、林地）的违建行为进行查处。对于违反土地管理法规，非法占用土地进行建设的行为，自然资源部门有权进行认定和处理。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。
   • 实例说明：如企业未经批准占用农用土地建设厂房，自然资源部门将依据相关规定进行鉴定。

4. 城市管理综合行政执法部门（城管部门）

   • 适用范围：在许多地方，城管部门通过相对集中行政处罚权的方式，被赋予认定并查处城市规划区内违章建筑的职责。城管部门负责城市管理和行政执法工作，对城市建成区内的各类违法建设行为进行监管和认定。
   • 实例说明：如城管部门在日常巡查中发现沿街商铺私自扩建门面，将进行调查和鉴定。

综合建议：

• 面临违建问题时，首先应明确违建的具体地点、性质和违反的法律法规，以确定负责鉴定的主管部门。
• 在处理违建问题时，建议咨询当地城乡规划部门、自然资源部门或法律专业人士（如我），以获取更准确的指导和帮助。
• 了解并遵守相关法律法规，避免违规建设带来的法律风险和经济损失。如果已经存在违建问题，应积极配合相关部门的调查和处理工作，争取合法合规的解决方案。

希望以上解答能对您有所帮助，如果您还有其他关于房产纠纷或婚姻家庭方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。