关于安全文明措施费预付后合同中未约定扣回的法律依据，首先需要明确的是，这主要涉及到合同法的相关规定以及工程建设的行业惯例。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合同法角度：
- 根据《中华人民共和国民法典》（原《中华人民共和国合同法》已废止，但相关原则在民法典中得以延续）中关于合同履行和变更的规定，如果合同中没有明确约定安全文明措施费的扣回方式，那么双方应当依据诚实信用原则和交易习惯来协商解决。
- 若双方无法达成一致，且该费用属于工程价款的一部分，那么可以参照工程价款结算的相关规定来处理。一般来说，工程价款应当根据实际完成的工作量和合同约定的单价进行计算，如果安全文明措施费已经预付且未在合同中约定扣回，那么在没有其他相反约定的情况下，发包方可能难以直接要求承包方返还。
工程建设行业惯例角度：
- 在工程建设领域，安全文明措施费通常是为了保障施工现场的安全和文明施工而设立的专项费用。这笔费用的支付和使用往往受到严格的监管和规定。
- 如果合同中没有明确约定扣回方式，但根据行业惯例或地方性法规、规章等，可能存在关于安全文明措施费使用和结算的具体规定。这些规定可能作为合同履行的补充依据，对双方产生约束力。
实际操作建议：
- 协商解决：首先，建议双方通过友好协商的方式解决争议。可以依据实际完成的工作量、合同履行情况等因素，共同商定一个合理的扣回方案。
- 参考行业规定：如果协商无果，可以查阅相关的行业规定或地方性法规、规章等，看是否有关于安全文明措施费扣回的具体规定。这些规定可能作为处理争议的参考依据。
- 寻求法律途径：如果双方仍然无法达成一致，且争议较大，那么可以考虑通过法律途径解决。可以聘请专业律师进行咨询和代理，通过诉讼或仲裁等方式来维护自己的合法权益。
在处理此类问题时，还需要注意以下几点：
- 保留好相关证据，如合同、付款凭证、施工记录等，以便在争议发生时能够提供有力的支持。
- 及时关注行业动态和法律法规的变化，以便及时调整自己的经营策略和合同条款。
- 在签订合同时，尽量明确各项费用的支付、使用和结算方式，以避免后续产生不必要的争议。
最后需要强调的是，由于每个案件的具体情况都有所不同，因此上述分析仅供参考。如果您在实际操作中遇到类似问题，建议直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更准确的法律意见。