结论：银行是否因实际有交易但系统查不到而负法律责任，需根据具体情况判断，包括交易类型、银行过错程度、用户是否遭受损失及损失与银行行为的因果关系等因素。以下从不同角度详细分析：
一、银行可能承担法律责任的情形
银行系统故障或操作失误
- 法律背景：若因银行系统故障、维护不当或工作人员操作失误，导致交易记录未正常录入系统，银行可能因未履行妥善保管交易记录的义务而承担责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同履行和违约责任的规定，银行作为服务提供方，有义务确保交易记录的准确性和完整性。若因银行过错导致用户损失，银行应承担赔偿责任。
- 举例：用户通过银行柜台或ATM机进行存款，但银行系统因故障未记录该笔交易，导致用户账户余额未增加。此时，银行应承担举证责任，证明交易未发生或已妥善处理，否则需赔偿用户损失。
银行未履行告知义务
- 法律背景：若银行在交易过程中未明确告知用户交易可能存在的风险或系统限制，导致用户误以为交易已成功完成，银行可能因未履行告知义务而承担责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国消费者权益保护法》中关于经营者告知义务的规定，银行作为金融服务提供者，应向用户充分披露交易信息，包括可能存在的风险和系统限制。
- 举例：用户通过网上银行进行转账，但银行系统因限额设置未成功转账，且未及时通知用户。此时，银行可能因未履行告知义务而承担部分责任。
二、银行可能不承担法律责任的情形
用户自身过错
- 法律背景：若因用户自身操作失误（如输入错误账号、密码等）或未妥善保管交易凭证（如回单、短信通知等），导致交易记录无法查询或确认，银行通常不承担责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于过错责任的规定，用户应自行承担因自身过错导致的损失。
- 举例：用户通过ATM机进行取款，但因输入错误密码导致交易失败，且未保留取款凭证。此时，银行无需承担责任。
第三方因素导致
- 法律背景：若因第三方（如网络攻击、电力故障等）导致银行系统无法正常记录交易，且银行已采取合理措施防范和应对，银行通常不承担责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于不可抗力的规定，因不可抗力导致合同无法履行的，当事人不承担责任。但银行需证明已采取合理措施防范和应对第三方因素。
- 举例：银行系统因遭受网络攻击导致部分交易记录丢失，且银行已及时采取措施恢复系统并通知用户。此时，银行可能因不可抗力而免责。
三、用户应对建议
- 保留交易凭证：用户应妥善保管交易凭证（如回单、短信通知、网上银行交易记录等），以便在发生纠纷时提供证据。
- 及时与银行沟通：若发现交易记录异常或无法查询，用户应及时与银行联系，要求银行提供交易明细或解释原因。
- 寻求法律援助：若用户认为银行存在过错且导致自身损失，可咨询专业律师（即我，唐锐律师），了解自身权益并寻求法律援助。
总结：银行是否因实际有交易但系统查不到而负法律责任，需根据具体情况判断。用户应保留交易凭证、及时与银行沟通，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。