补充协议中若需删除内容，可通过以下方式明确表达，确保法律效力并避免歧义：

1. 直接划删并双方确认
   在需删除的条款处划横线或删除线，并在协议末尾增加双方确认条款，例如：
   “双方一致同意删除原协议第X条第X款‘……（具体内容）……’，删除后该条款不再具有法律效力。”
   要点：需双方签字盖章确认，避免单方修改引发争议。

2. 通过修订条款整体替换
   若删除内容较多或涉及条款逻辑调整，可新增修订条款明确替换范围，例如：
   “原协议第X条整体删除，替换为以下内容：‘……（新条款）……’。本修订自双方签署之日起生效。”
   要点：需完整保留原条款编号及位置，避免因条款缺失导致协议结构混乱。

3. 附件形式列明删除内容
   若协议篇幅较长，可在补充协议中以附件形式列明删除条款清单，例如：
   “附件一《删除条款清单》为本协议组成部分，双方确认删除原协议中列明的全部条款。”
   要点：附件需经双方签字盖章，且清单内容需与原协议条款一一对应。

风险提示：

• 删除内容可能涉及权利义务变更，需评估对协议整体效力的影响，例如删除违约责任条款可能导致守约方维权困难。
  
• 若删除内容涉及已履行部分（如付款条款），需明确处理方式（如已支付款项不予退还）。
  
• 建议在补充协议中增加兜底条款，例如：“除本协议明确修改的内容外，原协议其他条款继续有效。”

操作建议：

1. 修改前核对原协议条款编号及内容，避免误删；
   
2. 删除后通读协议，确保剩余条款逻辑连贯；
   
3. 双方签署时留存修改痕迹（如电子协议需保留修订记录）。
   

如有具体协议需要修改，可提供协议类型及删除内容，我将进一步分析法律风险。