针对您提出的“员工失误造成公司损失100万怎么赔偿”的问题，这是一个涉及法律、公司制度以及员工权益的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律依据与责任认定
法律依据：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，员工因本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿。赔偿可以从工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 若劳动合同中未明确约定赔偿事宜，公司仍可要求员工赔偿实际损失，但必须提供充分的证据来支持损失的具体数额。
责任认定：
- 需要明确员工的失误是故意行为、重大过失还是一般过失。故意行为或重大过失（如严重违反操作规程）通常会导致更严格的赔偿责任。
- 一般过失（如已按正常流程工作但因不可预见因素导致失误）的赔偿责任可能相对较轻或免除。
二、赔偿范围与方式
赔偿范围：
- 直接损失：包括因员工失误直接导致的公司财产减少或费用增加，如货物损坏、修复费用、客户流失导致的直接经济损失等。
- 间接损失：虽然不直接由员工失误引起，但因其连锁反应导致的未来利益损失。这部分损失的赔偿需要综合考虑多种因素，如市场变化、公司运营状况等，且通常较难精确计算。
赔偿方式：
- 一次性赔偿：如果损失明确且员工有能力一次性支付，可以考虑一次性赔偿。
- 分期赔偿：对于数额较大、员工一次性支付困难的情况，可以协商分期赔偿计划，如从工资中逐月扣除一定比例作为赔偿。
三、公司与员工的协商及注意事项
协商解决：
- 公司应首先与员工进行友好协商，了解员工的立场和诉求，寻求合理的赔偿方案。协商过程中，应保持开放和透明的态度，确保双方都能充分表达意见。
注意事项：
- 合法合规：确保赔偿要求不违反法律法规，特别是扣除工资作为赔偿时需严格遵守相关规定。
- 证据充分：提供充分的证据证明员工失误与损失之间的因果关系及损失数额。这可能包括监控录像、工作记录、邮件往来等。
- 区分过失性质：明确区分一般过失与重大过失，以确定赔偿责任。对于一般过失，可以考虑减轻或免除赔偿责任。
- 遵循法定程序：在处理赔偿事宜时，应提前告知员工并说明理由，确保处理过程的合法性和公正性。
- 考虑员工实际支付能力：在制定赔偿方案时，应充分考虑员工的实际支付能力，避免过度惩罚导致员工生活困难。
四、具体案例与建议
综上所述，员工失误造成公司损失100万的赔偿问题需要综合考虑法律规定、公司制度以及员工权益等多个方面。通过友好协商、合法合规的处理方式以及充分考虑员工实际支付能力等因素，可以达成双方都能接受的赔偿方案。