若医疗事故鉴定程序违法，可采取以下措施来维护自身合法权益：
- 提出异议并申请重新鉴定
- 在诉讼过程中提出：如果医疗事故鉴定是在诉讼程序中进行的，一旦发现鉴定程序违法，比如鉴定机构不具备相应资质、鉴定人员应当回避而未回避、鉴定材料不真实不完整等，当事人可以在法庭审理过程中及时向法官提出异议。详细说明鉴定程序违法的具体情形和依据，申请法院对该鉴定意见不予采信，并要求重新委托有资质的鉴定机构进行鉴定。
- 依据相关规定申请：根据《医疗事故处理条例》等相关法律法规，当事人对首次医疗事故技术鉴定结论不服的，可以自收到首次鉴定结论之日起15日内向医疗机构所在地卫生行政部门提出再次鉴定的申请。如果首次鉴定程序违法，这也可以作为申请再次鉴定的重要理由。在申请再次鉴定时，要提交书面申请，阐述首次鉴定程序违法的具体情况，并提供相关证据予以支持。
- 向相关部门投诉举报
- 向卫生行政部门投诉：卫生行政部门是医疗事故鉴定工作的监督管理部门。如果发现鉴定程序违法，可以向作出鉴定结论的鉴定机构所在地的卫生行政部门进行投诉。投诉时要提供详细的证据材料，如鉴定报告、能够证明程序违法的相关文件、证人证言等。卫生行政部门在收到投诉后，会进行调查核实，如果确认鉴定程序违法，会依法对鉴定机构和相关责任人进行处理，如责令改正、给予警告、对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分等。
- 向司法行政部门反映：如果医疗事故鉴定涉及司法鉴定机构，当事人也可以向司法行政部门反映情况。司法行政部门负责对司法鉴定机构和司法鉴定人的登记管理工作，对于违反鉴定程序的行为会进行查处。当事人可以向司法行政部门提交书面材料，说明鉴定程序违法的具体事实和理由，司法行政部门会根据调查结果作出相应处理，如暂停执业、撤销登记等。
- 通过法律途径解决纠纷
- 在民事诉讼中主张权利：如果医疗事故鉴定程序违法影响了鉴定结论的公正性和准确性，进而影响了当事人对医疗事故责任的认定和赔偿请求的实现，当事人可以在民事诉讼中以鉴定程序违法为由，要求法院重新认定医疗事故责任和赔偿数额。在诉讼过程中，要充分举证证明鉴定程序违法与鉴定结论错误之间的因果关系，以及该错误鉴定结论对自己合法权益造成的损害。
- 考虑刑事责任追究（如果涉及）：在极少数情况下，如果鉴定程序违法是由于鉴定机构或鉴定人员的故意或重大过失行为导致的，且该行为造成了严重后果，可能涉嫌犯罪。例如，鉴定人员收受贿赂、徇私舞弊，故意作出虚假鉴定结论，情节严重的，可能会构成中介组织人员出具证明文件重大失实罪或中介组织人员提供虚假证明文件罪等。当事人可以向公安机关报案，由公安机关进行立案侦查，追究相关人员的刑事责任。