民事调解结清后，结案的方式主要是由法院出具调解书并归档，或者当事人自行达成调解协议并履行后申请法院确认结案。以下是具体说明：

1. 法院出具调解书并归档

   • 在民事调解过程中，如果双方当事人在法院的主持下达成调解协议，并且该协议内容合法、自愿，法院会制作调解书。
   • 调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力，相当于法院的判决书，具有强制执行力。
   • 调解书制作并送达双方当事人后，法院会将该案件归档，标志着案件正式结案。

2. 当事人自行达成调解协议并履行后申请法院确认结案

   • 如果双方当事人在法院之外自行达成了调解协议，并且已经按照协议内容履行完毕，也可以向法院申请确认结案。
   • 在这种情况下，当事人需要向法院提交调解协议、履行证明等相关材料，法院会审查这些材料，如果确认无误，会出具结案证明或者类似文件，标志着案件正式结案。

额外提醒：

• 无论哪种方式结案，都建议当事人保留好调解书或者结案证明等相关文件，以备不时之需。
• 如果在调解过程中或者结案后，发现对方有违反调解协议的行为，可以依据调解书或者相关法律规定，向法院申请强制执行或者采取其他法律措施。

如果您在民事调解结案过程中遇到任何问题，或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。