关于公司制定的罚款制度是否合法的问题，这确实是一个需要细致分析的情况，因为其合法性取决于多个关键因素。以下是我为您提供的详细分析：
一、不合法的情况
缺乏法律依据：
- 罚款在本质上属于行政处罚的范畴，而根据《中华人民共和国行政处罚法》，只有具有行政处罚权的行政机关才能实施罚款。公司作为非行政机关，并不具备直接罚款的权力。因此，如果公司没有相关法律赋予其罚款权，却直接依据自身规章制度对员工进行罚款，这种行为通常是不合法的。
规章制度制定程序不合法：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》，公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，必须经过职工代表大会或全体职工的讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。如果公司的罚款制度未经这样的民主程序制定，那么该制度本身就不具有合法性，基于此进行的罚款也是不合法的。
规章制度未公示告知：
- 同样根据《劳动合同法》，公司应将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示或告知劳动者。如果公司只是内部发布了罚款制度文件，但没有通过合适的方式让员工知晓，那么公司就不能依据该制度对员工进行罚款。
二、可能合法的情况
基于合同约定：
- 如果劳动合同中有明确约定，在员工出现特定违约行为时，公司有权要求员工承担一定的赔偿责任，这种赔偿性质的约定在一定程度上可能被视为合法。但需要注意的是，扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
合法的赔偿性扣款：
- 当员工在工作过程中因自身过错给公司造成实际经济损失时，公司可以要求员工赔偿该损失。例如，员工违反操作规程导致设备损坏，公司可以要求员工赔偿设备维修费用等实际损失。但公司必须提供充分的证据来证明损失的存在以及与员工行为的因果关系。
三、综合建议
公司角度：
- 公司在制定和执行罚款制度时，应严格遵守相关法律法规，确保制度的合法性和有效性。罚款制度应经过民主程序制定，并公示告知员工。同时，公司应避免将罚款作为常规管理手段，而是采取教育、培训、警告等其他管理措施来引导员工遵守规章制度。
员工角度：
- 员工应了解自身权益，对于不合法的罚款行为，有权向相关部门投诉或寻求法律援助。在签订劳动合同时，员工应仔细阅读合同条款，特别是关于罚款和赔偿的约定，确保自己的权益不受侵害。
综上所述，公司罚款制度的合法性需根据具体情况判断，关键在于是否有法律依据、是否遵循了合法的制定程序以及是否进行了公示告知。在制定和执行罚款制度时，公司应严格遵守相关法律法规，确保制度的合法性和有效性；员工也应了解自身权益，对于不合法的罚款行为及时采取措施维护自己的合法权益。