两家分公司之间互相倒药的行为，若涉及违法违规，可能会面临行政处罚、刑事处罚以及民事赔偿等多方面的法律后果。以下是对此问题的详细分析：
一、行政处罚
违反药品管理法规：
- 如果两家分公司之间的倒药行为违反了《中华人民共和国药品管理法》等相关法规，如未取得药品经营许可证而从事药品经营活动，或者违反药品购销渠道管理规定等，药品监督管理部门有权对其进行行政处罚。
- 处罚措施可能包括警告、罚款、没收违法所得、没收非法财物、责令停产停业、暂扣或吊销许可证等。具体处罚力度会根据违法行为的性质、情节以及造成的后果等因素综合确定。
违反税收管理法规：
- 如果倒药行为涉及偷逃税款，税务机关将依据《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法规进行处罚。
- 处罚措施可能包括追缴税款、加收滞纳金、罚款等。在严重情况下，还可能涉及刑事责任。
二、刑事处罚
非法经营罪：
- 如果两家分公司之间的倒药行为构成非法经营罪，即未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或其他限制买卖的物品，扰乱市场秩序，情节严重的，将面临刑事处罚。
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法经营罪可处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。
其他相关罪名：
- 如果倒药行为还涉及其他违法犯罪行为，如生产、销售假药罪、生产、销售劣药罪等，也将根据相应罪名进行刑事处罚。
三、民事赔偿
合同违约责任：
- 如果两家分公司之间的倒药行为是基于合同关系进行的，且该行为违反了合同约定，那么违约方将承担合同违约责任。
- 违约责任可能包括赔偿对方因此遭受的损失、支付违约金等。
侵权责任：
- 如果倒药行为对第三方造成了损害，如患者因使用倒卖的药品而遭受健康损害，那么侵权方将承担侵权责任。
- 侵权责任可能包括赔偿受害者的医疗费、误工费、精神损害抚慰金等。
四、建议与措施
立即停止违法行为：
- 如果两家分公司之间确实存在互相倒药的行为，且该行为涉嫌违法违规，那么应立即停止该行为，以避免进一步的法律后果。
积极配合调查：
- 如果相关监管部门已经介入调查，那么应积极配合调查工作，如实提供相关信息和证据，以争取从轻或减轻处罚。
寻求法律帮助：
- 如果对倒药行为的法律性质、可能面临的法律后果以及应对措施等方面存在疑问或困惑，建议及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。
最后，需要强调的是，药品是关系到人民群众生命健康的特殊商品，其经营和管理必须严格遵守相关法律法规的规定。任何违法违规的药品经营活动都将受到法律的严厉制裁。因此，建议两家分公司严格遵守相关法律法规，合法合规地开展药品经营活动。如有任何法律问题，可直接向我咨询。