结论：生产队以土地入股后退股，土地是否归公司所有，这主要取决于入股时的协议约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
入股协议约定：
- 如果生产队与公司之间签订的入股协议中明确约定了退股时土地的处理方式，比如退股后土地归公司所有，或者退股时公司需向生产队支付相应的土地补偿费用等，那么应当按照协议的约定来执行。
- 协议是双方意思自治的体现，只要协议内容不违反法律法规的强制性规定，就应当受到法律的保护。
相关法律法规规定：
- 在没有明确的入股协议约定或者协议约定不明确的情况下，需要参考相关法律法规的规定。一般来说，土地作为特殊的生产资料，其所有权和使用权受到法律的严格保护。
- 如果生产队是以土地的使用权入股，而非所有权，那么在退股时，土地的使用权应当回归生产队，除非双方另有约定或者法律法规另有规定。
- 此外，还需要考虑土地的性质（如集体土地、国有土地等）以及入股时是否经过了相关部门的批准和登记等因素，这些都可能影响退股时土地的归属。
实际操作中的考虑：
- 在实际操作中，除了考虑协议约定和法律法规规定外，还需要考虑双方的实际履行情况、交易习惯以及公平原则等因素。
- 如果生产队已经将土地实际交付给公司使用，并且公司已经在此基础上进行了投资建设等，那么在退股时，双方可能需要就土地的补偿问题进行协商，以达成公平合理的解决方案。
建议：
- 对于生产队而言，在入股前应当与公司签订详细的入股协议，明确约定退股时土地的处理方式以及相关责任和义务，以避免后续产生纠纷。
- 如果已经发生了退股纠纷，双方应当首先通过协商的方式解决；协商不成的，可以寻求第三方调解或者通过法律途径解决。
- 在处理此类纠纷时，建议咨询专业的律师或者法律机构，以确保自身的合法权益得到保护。
可能后果：
- 如果双方无法就退股时土地的归属达成一致意见，可能会引发法律纠纷，导致双方需要投入大量的时间和精力去解决。
- 在法律纠纷中，如果一方无法提供充分的证据来支持自己的主张，可能会承担不利的法律后果。
因此，在处理生产队以土地入股后退股的问题时，应当谨慎对待，确保双方的权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。