将线上运营的游戏的软著（软件著作权）改成分公司持有，一般来说，本身不会直接对游戏的线上运营产生负面影响，但这一变更涉及多个法律和实务层面的问题，需要谨慎处理。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律层面
著作权归属与变更：
- 软著是游戏的核心知识产权之一，其归属和变更需遵循《中华人民共和国著作权法》及相关规定。
- 若原软著登记在总公司名下，现需变更至分公司名下，应依法办理著作权变更登记手续，确保变更的合法性和有效性。
合同与授权：
- 检查游戏线上运营所涉及的所有合同和授权文件，确保软著变更不会违反任何合同条款或授权限制。
- 若合同或授权中明确规定了软著的归属或使用方式，变更前需与合同相对方协商并取得其同意。
税务与财务：
- 软著变更可能涉及税务和财务方面的调整，如著作权转让税、印花税等。
- 需咨询专业税务和财务人员，确保变更过程中的税务和财务处理符合相关法律法规要求。
二、实务层面
运营稳定性：
- 软著变更本身不会直接影响游戏的线上运营，但变更过程中若处理不当，可能导致运营中断或出现法律纠纷。
- 建议在变更前制定详细的计划，确保变更过程的平稳进行，并提前与相关服务提供商（如服务器提供商、支付平台等）沟通。
品牌与市场影响：
- 软著变更可能对游戏的品牌和市场形象产生一定影响，尤其是若变更涉及公司名称或品牌标识的更改。
- 需评估变更对品牌和市场的影响，并制定相应的市场策略和公关计划。
后续维护与管理：
- 变更后，分公司将承担软著的维护和管理责任，包括续展、维权等。
- 需确保分公司具备相应的能力和资源来履行这些责任，并建立完善的软著管理制度。
三、建议与注意事项
- 提前规划：在决定变更软著前，应充分评估变更的必要性、可行性和风险，并制定详细的变更计划。
- 法律合规：确保变更过程符合相关法律法规要求，包括著作权变更登记、合同与授权处理、税务与财务处理等。
- 沟通协调：与相关合同相对方、服务提供商等保持密切沟通，确保变更过程的顺利进行。
- 后续管理：变更后，加强对软著的维护和管理，确保游戏的持续运营和知识产权的安全。
若你在处理软著变更过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。作为专业律师，我将根据你的具体情况提供针对性的法律支持和帮助。