结论：公司在作为被告期间，并非绝对不能注销，但注销过程需严格遵循法定程序，并妥善处理所有未了结的诉讼，否则将面临严重的法律责任和后果。以下是对此问题的详细分析：
一、法律允许注销的情况与限制
清算组的责任：
- 公司决定在诉讼期间注销时，必须成立清算组，全面清理公司的债权债务。清算组应当自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内进行公告。对于正在进行的诉讼所涉及的潜在债务，清算组必须妥善处理，确保债权人的合法权益不受损害。
诉讼的处理方式：
- 合法清算并注销：若公司经过合法的清算程序后注销，且清算过程中已妥善处理了所有未了结的诉讼，则通常意味着其民事主体资格消灭。但需注意，若存在恶意处置公司财产或虚假的清算报告等情形，原告仍可申请变更诉讼主体，要求相关责任人承担赔偿责任。
- 未经依法清算即注销：若公司未经依法清算即办理注销登记，债权人可以主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。此外，法院也可能对公司进行恢复，并继续追究其法律责任。
二、注销后的法律后果
民事责任承担：
- 公司注销后，其法人资格终止，一般情况下不再承担民事责任。但若存在股东、实际控制人等未依法履行清算义务导致公司财产流失、无法清偿债务等问题，相关责任人需承担相应的民事赔偿责任。
- 根据相关法律规定，如有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人在公司解散后恶意处置公司财产给债权人造成损失，或未经依法清算以虚假的清算报告骗取公司登记机关办理法人注销登记，需对公司债务承担相应赔偿责任。
对诉讼程序的影响：
- 如果公司在诉讼过程中注销且已合法清算并注销，法院可能会裁定终结诉讼。
- 若公司存在未依法清算等问题，法院可能会根据原告的申请变更股东、实际控制人等相关责任人为被告，继续审理案件。
三、实际操作建议
谨慎评估：
- 公司在面临诉讼时，应积极应对、妥善处理纠纷，并在法律允许的范围内解决争议。如需注销公司，应谨慎评估注销的必要性和可行性，以及注销后可能面临的法律责任和后果。
严格遵循法定程序：
- 若决定注销公司，应严格按照法定程序进行，包括成立清算组、清理债权债务、通知债权人、进行公告等。确保所有未了结的诉讼得到妥善处理，避免引发不必要的法律风险和经济损失。
保留相关证据：
- 在注销过程中，应保留好所有相关证据和文件，如清算报告、公告记录、债权人通知等。这些证据和文件在后续可能发生的法律纠纷中具有重要的证明作用。
总结：公司在诉讼被告期间并非绝对不能注销，但注销过程需谨慎操作，并严格遵守相关法律法规和程序规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。