关于代持协议是否都留有原件的问题，这主要取决于协议双方的具体操作和约定，但从法律实践和风险防控的角度来看，建议代持协议双方都应保留原件。
首先，代持协议作为一种法律文件，其原件具有最高的法律效力。在发生纠纷或需要证明协议内容时，原件是最直接、最有力的证据。如果只有复印件或电子版，可能会因为各种原因（如打印质量、存储介质损坏、篡改等）导致证据效力降低或无法被法院采纳。
其次，从风险防控的角度来看，保留原件可以确保双方对协议内容的准确理解和一致认可。在代持关系中，由于涉及到财产权益的转移和委托管理，任何细微的歧义或误解都可能引发纠纷。因此，保留原件有助于双方在发生争议时，能够迅速、准确地查明事实，维护自身权益。
具体来说，对于代持协议的原件保留，有以下几点建议：
双方各执一份：在签订代持协议时，应确保双方都获得协议的原件，并妥善保管。这样，在需要时，双方都可以提供原件作为证据。
备份存储：除了纸质原件外，双方还可以考虑将协议扫描或拍照后存储在电子设备中，作为备份。但需要注意的是，电子备份的法律效力可能低于原件，特别是在没有进行区块链存证等安全措施的情况下。
明确约定：在协议中明确约定双方对原件的保管责任和义务，以及因原件丢失或损坏而产生的责任承担方式。这有助于增强双方对原件保管的重视程度，减少风险。
法律咨询：在签订代持协议前，建议双方咨询专业律师的意见，确保协议内容合法、有效，并明确双方的权利和义务。律师还可以提供关于原件保管和证据收集的专业建议。
综上所述，代持协议双方都应保留原件，以确保协议的法律效力和风险防控。同时，双方还应采取其他措施来增强协议的安全性和可靠性，如备份存储、明确约定和法律咨询等。