店铺被扣12分后是否还能继续运营，这主要取决于具体的扣分原因、所处的行业以及相关的管理规定。以下我会结合您提供的参考信息，以及一般的管理逻辑，来详细解答这个问题。
首先，我们需要明确的是，扣分制度通常是市场监管部门为了规范商家经营行为、保障消费者权益而设立的一种管理手段。不同的行业、不同的地区，扣分制度的具体实施细则可能会有所不同。但一般来说，扣分达到一定程度（如12分），往往意味着商家在经营过程中存在较为严重的问题或违规行为。
以您提供的温岭市外卖餐饮店的记分制为例，一旦外卖餐饮店被一次记完12分（如涉及无证无照、制售“三无”产品、销售超过保质期或变质食品等严重情形），将会被要求从外卖平台下架，并依法立案查处。这种情况下，店铺的运营将受到严重影响，甚至可能面临关闭的风险。然而，如果店铺是因为一些一般情形（如门前三包没做好、店内卫生状况差等）被多次扣分累计达到12分，那么店铺在整改并参加再培训后，是有可能消除记分并继续运营的。
再来看广西学校食堂的食品安全信用管理机制，虽然它采用的是“四色脸”信用等级标识，但背后的逻辑与扣分制度相似。如果一个学校食堂在记分周期内被扣完12分（虽然这种情况在“四色脸”机制中对应的是A级，即最高信用等级，但这里我们假设存在一个反向的扣分机制，即扣分越多信用等级越低，直至扣完12分），那么该食堂很可能因为严重的食品安全问题而面临严重的处罚，包括但不限于公示“红脸”标识、影响校长及食安管理人员的职称评定等，甚至可能面临停业整顿或关闭的风险。
综合以上分析，我们可以得出以下结论：
扣分原因：如果店铺是因为严重违规行为被一次扣完12分，那么继续运营的可能性将大大降低；如果是因为多次一般违规行为累计扣分达到12分，那么在整改并参加再培训后，有可能继续运营。
行业规定：不同行业、不同地区的扣分制度实施细则可能有所不同，店铺需要仔细了解并遵守当地的市场监管规定。
整改措施：无论扣分原因如何，店铺都应该积极采取整改措施，提高经营水平，重视食品安全等问题，以避免再次被扣分或面临更严重的处罚。
因此，如果您的店铺被扣了12分，我建议您首先了解具体的扣分原因和当地的市场监管规定，然后积极采取整改措施，并与市场监管部门沟通协商，看是否有机会继续运营或消除记分。同时，您也应该加强内部管理，提高经营水平，以避免类似问题再次发生。