诉讼时效制度适用于大多数民事案件，但并非所有案件都受诉讼时效限制。以下是对哪些案件有诉讼时效的详细分析：
民事案件中的诉讼时效适用：
- 合同纠纷：在合同纠纷中，诉讼时效通常适用于请求对方履行合同义务或赔偿损失等情形。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一般的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。例如，如果一方未按照合同约定支付货款，另一方在知道或应当知道之日起三年内未提起诉讼或仲裁，则可能丧失胜诉权。
- 侵权纠纷：在侵权纠纷中，如人身损害赔偿、财产损害赔偿等，也适用诉讼时效制度。同样，根据《民法典》的规定，诉讼时效期间一般为三年。例如，因交通事故造成人身伤害，受害者应在知道或应当知道伤害发生之日起三年内提起诉讼，否则可能面临败诉风险。
- 其他民事权益纠纷：除了合同纠纷和侵权纠纷外，其他涉及民事权益的纠纷，如物权纠纷、知识产权纠纷等，也通常适用诉讼时效制度。具体时效期间可能因纠纷类型和法律规定而有所不同。
不受诉讼时效限制的案件：
- 请求停止侵害、排除妨碍、消除危险：这些请求权通常不受诉讼时效的限制，因为它们涉及的是对持续侵权行为的制止或预防，而非对过去行为的赔偿或补偿。例如，如果某人长期非法占用他人的土地，土地所有者可以随时请求停止侵害，而不受诉讼时效的限制。
- 不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产：对于不动产物权（如房屋所有权）和登记的动产物权（如车辆所有权），如果权利人请求返还财产，通常也不受诉讼时效的限制。这是因为这些物权具有公示公信力，且涉及的是对物权的直接保护。
- 其他特殊情形：根据法律规定或司法解释，还有一些其他特殊情形下的请求权也不受诉讼时效的限制。例如，请求支付抚养费、赡养费或者扶养费的请求权，以及基于投资关系产生的缴付出资请求权等。
诉讼时效的中止与中断：
- 诉讼时效中止：在诉讼时效期间的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，诉讼时效中止。从中止时效的原因消除之日起，诉讼时效期间继续计算。例如，因自然灾害导致当事人无法行使请求权，诉讼时效将中止计算。
- 诉讼时效中断：诉讼时效因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断。从中断时起，诉讼时效期间重新计算。例如，当事人向对方发出催款通知，诉讼时效将从中断时起重新计算三年。
总结与建议：
- 诉讼时效制度是民事法律中的重要制度，它旨在促使权利人及时行使权利，维护社会秩序和交易安全。
- 在涉及民事纠纷时，权利人应密切关注诉讼时效的起算点和期间，及时行使权利以避免丧失胜诉权。
- 如果对诉讼时效的计算或适用有疑问，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。
如有任何关于诉讼时效或其他法律问题的疑问，请直接向我咨询。