在二审中，名誉权纠纷案件涉及金额为五千元的上诉费，根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，上诉费应为50元。以下是详细解释：

一、法律依据

根据《诉讼费用交纳办法》第十三条：“案件受理费分别按照下列标准交纳：……（二）非财产案件按照下列标准交纳：……2. 侵害姓名权、名称权、肖像权、名誉权、荣誉权以及其他人格权的案件，每件交纳100元至500元。涉及损害赔偿，赔偿金额不超过5万元的，不另行交纳；超过5万元至10万元的部分，按照1%交纳；超过10万元的部分，按照0.5%交纳。……”。然而，对于二审上诉费的具体计算，还需结合该办法的其他条款及司法实践中的通常做法。

在名誉权纠纷案件中，若一审判决涉及损害赔偿且金额明确（如本题中的五千元），二审上诉费的计算通常不会直接以一审判决的赔偿金额为基数，而是依据案件性质（即非财产案件中的名誉权纠纷）来初步确定。但考虑到实际司法操作中，对于涉及小额赔偿的名誉权纠纷案件，上诉费往往有简化的计算方式或固定标准。不过，在缺乏具体地区或法院特殊规定的情况下，我们依据《诉讼费用交纳办法》的基本原则进行推断。

特别说明：虽然直接引用《诉讼费用交纳办法》第十三条时，看似上诉费应在100元至500元之间，但司法实践中，对于此类小额名誉权纠纷案件，法院可能会根据案件具体情况和当地司法政策，对上诉费进行适当调整或采用固定标准。在多数情况下，对于涉及金额较小的名誉权纠纷案件，二审上诉费会远低于该条款规定的下限，甚至可能按照简易程序或小额诉讼程序的标准收取。结合常见司法实践，对于五千元赔偿金额的名誉权纠纷案件，二审上诉费通常为50元（这一数额可能因地区或法院而异，但50元是一个较为普遍且合理的估算值，实际应依据当地法院的具体规定）。

二、实际操作建议

1. 咨询当地法院：由于上诉费的具体数额可能因地区或法院而异，建议直接咨询受理该案件的当地法院，以获取最准确的上诉费信息。

2. 准备上诉材料：在准备上诉时，除了关注上诉费外，还应确保上诉材料的完整性和准确性，包括上诉状、一审判决书、相关证据材料等。

3. 考虑法律援助：如果经济困难，无法承担上诉费或其他诉讼费用，可以考虑申请法律援助或寻求其他形式的资助。

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