结论：仅有工程款结清证明，并不一定能绝对证明工程款已经结清，还需结合其他证据和具体情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
工程款结清证明的法律效力
- 工程款结清证明是双方就工程款支付情况达成的一种书面确认，通常具有一定的法律效力。它表明，在证明出具之时，双方认可工程款已经按照约定支付完毕。
- 然而，这种证明并非绝对不可推翻。如果一方能够提供充分证据证明该证明存在欺诈、胁迫、重大误解等情形，或者证明在证明出具后，又发生了新的工程款支付或结算情况，那么该证明的法律效力就可能受到质疑。
其他可能影响工程款结清证明效力的因素
- 合同条款：如果合同中明确规定了工程款支付的具体方式、时间、条件等，且这些条款与结清证明的内容存在冲突，那么合同条款可能优先于结清证明。
- 实际支付情况：即使有结清证明，但如果实际支付记录（如银行转账记录、收据等）显示工程款并未完全支付，那么结清证明的真实性就可能受到质疑。
- 后续行为：如果双方在结清证明出具后，又就工程款支付问题进行了新的协商或达成新的协议，那么这些后续行为也可能影响结清证明的效力。
法律建议
- 保留完整证据链：在涉及工程款支付的问题上，建议双方都保留完整的证据链，包括合同、支付记录、结清证明等，以便在发生纠纷时能够充分证明自己的主张。
- 谨慎出具结清证明：在出具结清证明前，双方应仔细核对工程款支付情况，确保证明内容真实、准确。如果存在任何疑问或争议，建议先通过协商或法律途径解决，再出具结清证明。
- 及时寻求法律帮助：如果双方就工程款支付问题产生纠纷，且无法自行协商解决，建议及时寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
举例说明：假设甲公司为乙公司完成了某项工程，并出具了工程款结清证明。但后来甲公司发现，乙公司在支付工程款时，有一笔款项并未实际到账（如银行转账失败但乙公司未告知甲公司）。此时，甲公司就可以凭借银行转账记录等证据，质疑结清证明的真实性，并要求乙公司支付剩余的工程款。
综上所述，仅有工程款结清证明并不足以绝对证明工程款已经结清。在涉及工程款支付的问题上，双方应谨慎行事，保留完整证据链，并在必要时及时寻求法律帮助。如果你有任何关于工程款纠纷的法律问题，都可以直接向我咨询。