针对您提出的“接了单子后甲方直接打款给工厂，我和工厂的合同该怎么签”这一问题，核心在于明确您与工厂之间的法律关系及权利义务分配，尤其是在资金流与业务流分离的情况下。以下是具体建议：

1. 明确合同性质：优先选择“委托加工合同”或“承揽合同”

• 若您委托工厂生产：建议签订委托加工合同，明确您是定作人，工厂是承揽人。合同中需约定：
  • 资金流向：注明甲方已直接支付款项至工厂账户，但该款项性质为“代您支付”，工厂需向您开具发票（或您与工厂另行结算差额）。
  • 交付义务：工厂需直接向您交付成品，您验收后向甲方交付。
  • 质量责任：工厂对产品质量负责，您承担对甲方的连带责任（可约定追偿条款）。
• 若您仅作为中介：若您不承担生产风险，可签订居间合同或服务合同，但需注意：
  • 工厂需直接与甲方签订合同，您仅收取中介费。
  • 若您仍需对工厂生产过程进行监督，建议通过补充协议明确您的权利（如验收权、停工权等）。

2. 关键条款设计：规避资金流与业务流分离的风险

• 付款条款：
  • 明确“甲方已支付的款项视为您对工厂的预付款”，或约定“工厂需在收到款项后X日内向您确认收款并开具收据”。
  • 若工厂需返还多余款项，需约定返还方式及期限。
• 交付与验收：
  • 工厂需按您的要求（而非甲方直接要求）生产，您拥有最终验收权。
  • 约定“工厂未经您书面同意，不得直接向甲方交付货物”。
• 违约责任：
  • 若工厂未按约定生产或交付，您有权要求其赔偿您对甲方的违约损失（包括预期利润）。
  • 若甲方未足额付款，工厂需配合您向甲方追偿（如提供付款凭证）。

3. 风险防范：补充协议或三方协议

• 若甲方参与度高：建议签订三方协议（您、工厂、甲方），明确：
  • 甲方付款至工厂账户的性质（代付或预付款）。
  • 您与工厂的合同关系独立于甲方与工厂的关系。
  • 工厂直接向您履行义务，甲方不得直接干预生产过程。
• 若仅您与工厂签约：需通过补充协议约定：
  • 工厂需定期向您汇报生产进度及资金使用情况。
  • 您有权对工厂的生产进行抽检或派驻监督人员。

4. 税务与发票处理

• 若甲方付款至工厂账户，工厂需向您开具发票（若您与工厂结算全部款项），或向甲方直接开具发票（若工厂与甲方直接结算）。
• 避免“资金回流”风险（如工厂将款项转回给您），否则可能被认定为虚开发票或偷逃税款。

总结建议

1. 优先选择委托加工合同，明确您作为定作人的权利（如验收权、追偿权）。
2. 通过补充协议或三方协议，固定资金流向与业务流的分离安排，避免工厂直接绕过您与甲方交易。
3. 严格约定违约责任，确保工厂违约时您能向甲方赔偿并追偿。

若您有具体合同条款或交易细节需要进一步优化，可直接向我咨询，我会根据实际情况提供定制化建议。