综合计时制下加班费的计算需分情况讨论，具体如下：

1. 工作日加班
   在综合计算周期内，若劳动者总实际工作时间超过法定标准工作时间（如月标准工时166.64小时），超出部分视为延长工作时间，需支付150%工资报酬。
   计算示例：某员工月标准工时166.64小时，实际工作180小时，则加班费= (180-166.64) × 小时工资 × 150%。

2. 休息日加班
   若在综合计算周期内的某一休息日安排工作，且该周期内总工时未超法定标准，则不视为加班（企业可通过调休补偿）；若总工时已超标准，则超出部分按200%工资报酬支付。
   关键点：需以整个周期的总工时是否超标为判断依据，而非单日是否工作。

3. 法定节假日加班
   无论综合计算周期内总工时是否超标，法定节假日安排工作均需支付300%工资报酬，且不得以调休替代。
   法律依据：《劳动法》第四十四条第三项明确规定，法定节假日加班必须按日工资的300%支付。

操作建议：

• 企业需向劳动保障部门申请综合计时制审批，并在劳动合同中明确约定计算周期（如周、月、季、年）；
  
• 劳动者应保留考勤记录、工资条等证据，若发现加班费未足额支付，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 计算基数建议以劳动合同约定的工资为准，若未约定则按实际发放的工资（扣除非工资性补贴）确定。

特殊提醒：
若综合计算周期届满后，企业未及时结算加班费，劳动者可在劳动关系终止后1年内主张权利。如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。