针对您提出的“刑事案件、行政案件、民事案件一起起诉时，诉讼费用如何缴纳”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，在常规的司法实践中，刑事案件、行政案件和民事案件通常是分别进行起诉和审理的，因为它们各自涉及不同的法律关系和诉讼程序。不过，若您确实面临需要将这三类案件合并起诉的特殊情况（尽管这种情况极为罕见且通常不符合常规诉讼程序），那么诉讼费用的缴纳将依据各类案件的性质和规定来分别处理。

一、刑事案件

在刑事案件中，如果是公诉案件，即由检察机关代表国家提起公诉的，那么被告人通常不需要缴纳诉讼费用。而如果是刑事自诉案件，即由被害人或其法定代理人直接向人民法院提起诉讼的，根据现行法律规定，刑事自诉案件无需缴纳诉讼费。

二、行政案件

行政案件通常需要缴纳诉讼费。诉讼费的金额根据案件类型来确定，例如商标、专利、海事行政案件可能每件交纳100元，其他行政案件则可能每件交纳50元。具体金额还需根据当地法院的实际规定和案件具体情况来确定。

三、民事案件

民事案件的诉讼费缴纳则相对复杂，它根据案件的性质和涉案金额或价额来确定。具体来说：

1. 财产案件：根据诉讼请求的金额或价额分段累计交纳，比例从0.5%至2.5%不等。
2. 非财产案件：如离婚案件、侵害人格权案件等，每件交纳固定费用，涉及损害赔偿的则按一定比例交纳。
3. 知识产权民事案件：无争议金额或价额的，每件交纳固定费用；有争议金额的，则按财产案件标准交纳。
4. 劳动争议案件：每件交纳固定费用，如10元。

四、合并起诉时的诉讼费缴纳

若确实需要将刑事案件（自诉）、行政案件和民事案件合并起诉（尽管这在实际操作中极为困难且不符合常规程序），那么诉讼费的缴纳将需要分别计算各类案件的诉讼费，并可能根据当地法院的规定进行一定的调整或合并计算。但这种情况下的具体操作和费用标准，将高度依赖于当地法院的实际规定和案件的具体情况。

五、建议与注意事项

1. 咨询法院：在面临需要将不同类型案件合并起诉的复杂情况时，强烈建议您首先咨询当地法院，了解具体的诉讼程序和费用标准。
2. 准备充分：在起诉前，确保您已经充分了解了各类案件的诉讼程序和费用要求，并准备了足够的资金来缴纳诉讼费。
3. 寻求专业帮助：如果可能的话，寻求专业律师的帮助将能够为您提供更具体、更准确的法律建议和指导。

综上所述，刑事案件（自诉）、行政案件和民事案件在合并起诉时的诉讼费缴纳问题是一个复杂且高度依赖于具体情况的问题。因此，我建议您在面临这种情况时，首先咨询当地法院或专业律师以获取更具体、更准确的指导。