结论前置：旷工一天扣3倍工资的做法，在大多数情况下是不合法的。以下从法律依据、合理性及用人单位合理处理方式等角度进行详细分析：
法律依据层面
《劳动法》相关规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。旷工一天扣3倍工资，显然超出了对旷工行为的合理处罚范围，构成了无故克扣工资。
《工资支付暂行规定》要求：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。旷工一天扣3倍工资，远超这一比例限制，因此是不合法的。
合理性层面
不符合公平原则：
- 劳动者旷工一天，其损失主要是当天的劳动产出和可能对工作安排造成的影响。扣除三天的工资远远超过了其实际造成的损失，对劳动者来说是不公平的。例如，若劳动者日工资为200元，旷工一天扣除600元，显然与其实际过错程度不相匹配。
不利于劳动关系稳定：
- 这种不合理的扣款规定容易引发劳动者的不满和抵触情绪，导致劳动关系紧张，甚至可能引发劳动争议和法律纠纷。长期来看，不利于企业的稳定发展和劳动关系的和谐。
用人单位合理处理方式
制定明确的规章制度：
- 用人单位应依法制定完善的考勤管理制度，明确旷工的定义、处理方式和相应的后果。这些制度应当经过民主程序制定，并向劳动者公示，确保劳动者知晓并遵守。例如，可以规定旷工一天扣除当天工资，并给予警告处分；旷工累计达到一定天数将解除劳动合同。
合理确定扣款金额：
- 如果劳动者旷工确实给用人单位造成了经济损失，用人单位可以根据实际情况，在符合法律规定的前提下，从劳动者工资中扣除相应的赔偿费用。但扣除的金额应当合理且与实际损失相适应，且不得超过劳动者当月工资的20%。例如，若劳动者旷工导致公司损失500元，且其当月工资为3000元，则最多只能扣除600元（20%的比例），但实际操作中应更精确地计算损失与扣款的比例。
特殊情况说明
- 规章制度依据：
- 如果用人单位依法制定的规章制度中明确规定了旷工的处罚措施，且该规章制度制定程序合法、内容合理，那么在这种情况下，按规章制度适当扣减工资可能被认定为合法。但即便如此，扣3倍工资也通常超出了合理范畴，除非能证明劳动者的旷工行为给用人单位造成了极其严重的经济损失，且该损失与扣款金额相当。
总结与建议：旷工一天扣3倍工资的做法在法律上通常是不合法的。用人单位在制定内部工资支付制度时，应严格遵守相关法律法规，确保扣款行为合法合理。对于旷工行为，原则上应当扣除当日的工资，若造成经济损失，则每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若劳动者认为用人单位的扣款行为侵犯了其合法权益，可以先与用人单位进行沟通协商，要求其纠正不合理的扣薪行为；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。