公司持有的商票在特定情况下是会被执行的。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、商票的法律属性与执行依据
商票，即商业承兑汇票，是一种由出票人签发，委托付款人在指定日期无条件支付确定的金额给收款人或者持票人的票据。根据《中华人民共和国票据法》及相关司法解释，商票作为一种有价证券，具有流通性和可执行性。当商票到期未获付款，或者出票人、承兑人存在其他违约行为时，持票人有权依法向人民法院提起诉讼，并申请对商票进行执行。
二、商票被执行的具体情形
商票到期未获付款：
- 若商票到期后，承兑人未按照约定支付票款，持票人可以依据票据法的规定，向人民法院提起诉讼，要求承兑人支付票款及可能产生的利息、违约金等。
- 在获得胜诉判决后，若承兑人仍未履行付款义务，持票人可以申请人民法院对承兑人的财产进行执行，包括但不限于银行存款、房产、车辆等。若商票由公司持有，且该公司为承兑人或对商票负有付款责任，则其持有的商票（若已背书转让但未获付款）或其他财产均可能被执行。
商票涉及纠纷或违法情形：
- 若商票的签发、承兑、背书转让等过程中存在纠纷或违法情形，如欺诈、伪造票据等，相关当事人可能面临法律责任。
- 在纠纷解决或违法情形查明后，人民法院可能根据判决结果对涉案商票进行执行，以保障受害人的合法权益。
公司作为债务人被执行：
- 若公司因其他债务纠纷被债权人起诉，并获得胜诉判决，但公司未履行付款义务，债权人可以申请人民法院对公司财产进行执行。
- 在此情况下，若公司持有商票，且该商票不属于法律规定的不得执行的财产范围（如已设定质押的商票需经质权人同意等），则该商票可能被作为公司财产的一部分被执行。
三、商票执行中的注意事项
商票的背书转让与权利行使：
- 商票在背书转让过程中，持票人的权利可能受到前手背书人、出票人、承兑人等的影响。因此，在商票被执行前，需明确商票的当前持有人及权利状态。
- 若商票已背书转让给第三方，且第三方为合法持票人，则原出票人或承兑人可能无法直接对商票进行执行，而需通过法律程序解决纠纷。
执行程序的合法性与合规性：
- 在对商票进行执行时，必须遵循法律规定的程序和要求，确保执行行为的合法性和合规性。
- 执行过程中，需注意保护相关当事人的合法权益，避免因执行行为不当而引发新的纠纷或法律责任。
四、建议与措施
加强商票管理：
- 公司应建立健全商票管理制度，规范商票的签发、承兑、背书转让等行为，降低商票纠纷和违法情形的发生风险。
及时履行付款义务：
- 若公司作为承兑人或对商票负有付款责任，应按时履行付款义务，避免因逾期未付而引发法律纠纷和执行风险。
积极应对执行程序：
- 若公司面临商票被执行的情况，应积极配合人民法院的执行工作，同时依法维护自身的合法权益。如有必要，可寻求专业律师的帮助，制定合适的应对策略。
如有关于商票执行或其他债权债务、股权转让领域的法律问题，可直接向我咨询。