结论前置：
- 旷工一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。它可能违反了我国《劳动法》、《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》中的相关规定，且从法理角度也显得不公平合理。
- 即便劳动合同或规章制度中有相关规定，也需确保其不违反法律法规，并遵循合理、公正的原则进行扣款。
详细分析：
法律依据与原则
- 《劳动法》与《劳动合同法》：这两部法律明确规定了用人单位应按时足额支付劳动者劳动报酬，并未赋予用人单位对员工进行罚款的权利。旷工一天扣三天工资的做法，显然超出了对等责任范围，有失公平与合理性。
- 《工资支付暂行规定》：该规定第十六条指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。旷工一天并不直接等同于造成经济损失，因此直接扣三天工资缺乏法律依据。
旷工一天的工资扣除情况
- 合理扣除：通常情况下，旷工一天，用人单位可以不支付当天的工资，这是基于劳动者未提供相应劳动的合理对应措施。
- 不合理扣除：直接扣除三天工资，则构成了对劳动者劳动报酬权利的侵犯，因为劳动者仅旷工一天，却要承担三天工资的损失，这显然是不公平的。
企业规章制度的合法性
- 制定程序：企业的规章制度或劳动合同中即使明确规定了旷工一天将扣3天工资，这一规定也必须经过合法的程序制定和公示，否则可能因程序不合法而被视为无效。
- 合理性审查：即便规章制度或劳动合同中有相关规定，司法实践中也可能因过度惩罚而被视为不合理。规章制度应确保规定的合理性、公平性，并充分考虑到员工的权益和感受。
劳动者的应对措施
- 协商解决：面对不合理的克扣工资行为，劳动者首先应与用人单位协商解决，表达自己的诉求和理由。
- 投诉与仲裁：协商不成时，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或仲裁过程中，劳动者需要提供相关证据来证明用人单位的扣款行为是不合法的。
实际操作建议
- 用人单位：在制定规章制度时，应确保其内容符合法律法规的要求，避免过度惩罚员工。扣款应合理、公正，且需经过合法程序制定和公示。
- 劳动者：在遇到类似纠纷时，应咨询专业的法律人士（如我，刘纯律师），了解自己的权益并采取适当的法律措施来维权。同时，劳动者也应保留好相关证据，如工资条、考勤记录等，以便在需要时提供证明。
综合建议：
无论是用人单位还是劳动者，都应增强法律意识，遵守相关法律法规。用人单位在制定规章制度时，应确保其合法、合理且公正；劳动者在遇到不合理的扣款行为时，应积极维权，保护自己的合法权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。