违法用地下的补偿是否合法，需分情况讨论，核心在于用地行为是否经过法定程序补正或是否符合特定补偿条件。以下从不同角度展开分析：
1. 违法用地未经补正，补偿通常不合法
- 法律背景：根据《土地管理法》第七十七条，未经批准或采取欺骗手段骗取批准非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。若用地行为未被补正为合法（如未补办审批手续），则土地使用本身违法，补偿缺乏合法依据。
- 典型案例：某村未经批准占用耕地建设厂房，后被认定为违法用地。因未补办农用地转用审批手续，政府未给予补偿，仅责令拆除并恢复土地原状。
- 法律后果：若违法用地被强制拆除，使用者可能无法获得补偿，且需承担拆除费用及土地复垦责任。
2. 违法用地经补正为合法，补偿可能合法
- 法律背景：根据《土地管理法》第四十四条，建设占用土地涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。若违法用地后通过补办审批手续（如缴纳罚款、完善用地手续）转为合法，则可能符合补偿条件。
- 典型案例：某企业未经批准占用集体土地建设宿舍，后补办集体建设用地使用权审批手续并缴纳罚款。因用地已合法化，政府在征收时按合法用地标准给予补偿。
- 关键点：补正程序需符合《行政处罚法》第三十六条“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚”的规定（涉及土地管理的，追诉时效为五年）。若超过追诉时效，补正可能受限。
3. 特殊情形下的补偿合法性
- 历史遗留问题：根据《确定土地所有权和使用权的若干规定》，1982年《村镇建房用地管理条例》实施前占用的宅基地，若后续未扩大用地面积，可按现有使用面积确定集体土地使用权。此类历史遗留违法用地，在征收时可能按合法用地补偿。
- 信赖保护原则：若使用者基于政府承诺或默许占用土地（如“先建后批”），且已投入大量资金，可能适用《行政许可法》第八条的信赖保护原则，要求政府给予合理补偿。但需通过行政诉讼或协商解决，无直接法律依据。
4. 补偿合法性的核心判断标准
- 用地合法性：是否取得土地使用权证、规划许可证等法定权证。
- 补偿依据：是否符合《土地管理法》第四十八条规定的“征收土地应当给予公平、合理的补偿”（包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物补偿费等）。
- 程序合法性：补偿方案是否经村民会议讨论、公示，是否与使用者签订补偿协议。
法律建议
- 若用地违法但未被查处：立即停止使用，咨询律师评估补正可能性（如补办审批手续、缴纳罚款）。
- 若已面临征收：要求征收方出示用地合法性证明（如征地批文、规划许可），若用地违法，可拒绝签署补偿协议并申请行政复议或提起行政诉讼。
- 若已签署补偿协议：核查协议是否明确补偿标准、支付方式及违约责任，避免因用地违法导致协议无效。
如有具体案件或用地情形，可直接向我咨询，我将结合细节进一步分析补偿合法性及维权策略。