结论：公司通常不可以仅因劳动合同中约定的工资超过实际发放部分而起诉要回这部分工资，但具体还需根据实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
劳动合同的法律效力：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。一旦双方签字盖章，即具有法律效力，双方应严格履行。
- 如果劳动合同中明确约定了工资数额，且该数额不违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准等），那么用人单位应按照约定支付工资。
工资支付的义务：
- 用人单位有义务按照劳动合同的约定，按时足额支付劳动者工资。这是用人单位的基本法律责任。
- 如果用人单位未按照约定支付工资，劳动者有权要求用人单位支付，并可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的权益。
公司起诉要回工资的可能性：
- 一般情况下，公司不能仅因劳动合同中约定的工资超过实际发放部分而起诉要回这部分工资。因为劳动合同是双方自愿签订的，且公司作为用人单位，有义务按照约定支付工资。
- 如果公司认为劳动合同中的工资约定存在错误或欺诈等情况，需要提供充分的证据来证明，并通过法律途径来撤销或变更该约定。但这并不是简单的“起诉要回工资”，而是涉及合同撤销或变更的法律程序。
特殊情况下的考虑：
- 如果劳动者存在欺诈、胁迫等行为导致公司签订了不合理的劳动合同，或者劳动合同中的工资约定违反了法律法规的强制性规定，公司可能有权要求撤销或变更该约定。
- 另外，如果双方在实际履行过程中对工资进行了口头或书面的变更，且该变更符合法律法规的规定，那么应以变更后的内容为准。
建议：
- 对于公司而言，如果认为劳动合同中的工资约定存在问题，应首先与劳动者进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 如果协商无果，公司可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的法律途径，但不应擅自采取法律行动，以免引发不必要的法律纠纷。
- 对于劳动者而言，如果公司未按照劳动合同的约定支付工资，应保留好相关证据，如劳动合同、工资条等，并及时通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的权益。
法律后果：
- 如果公司擅自起诉要回工资，且无法提供充分证据证明劳动合同中的工资约定存在错误或欺诈等情况，法院可能会驳回公司的诉讼请求，并要求公司按照劳动合同的约定支付工资。
- 如果公司存在违法行为，如恶意拖欠工资等，还可能面临劳动行政部门的处罚和劳动者的民事赔偿请求。
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