结论：在民事判决中，如果既有工程款又有违约金，违约金本身通常不会计算迟延利息，但具体是否计算及如何计算需依据合同约定、法律规定及法院判决来确定。以下从不同角度进行详细分析：
一、违约金与迟延利息的基本概念
违约金：是合同双方约定的，在一方违约时，由违约方支付给守约方的一定数额的金钱或其他形式的补偿。其目的在于惩罚违约行为，并补偿守约方因违约行为所遭受的损失。
迟延利息：通常指的是因债务人迟延履行债务而产生的利息损失。在建设工程合同中，如果工程款支付迟延，可能会产生迟延利息，但这通常与违约金是分开的。
二、违约金是否计算迟延利息的法律依据
合同约定：首先，应查看合同中是否有关于违约金和迟延利息的明确约定。如果合同中明确规定了违约金包含迟延利息，或者规定了违约金和迟延利息的计算方式，那么应按照合同约定执行。
法律规定：在缺乏合同约定的情况下，应依据相关法律规定来判断。根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，违约金和迟延利息是两种不同的法律责任形式，它们可以并存，但并不意味着违约金会自动包含迟延利息。除非法律有特别规定或者合同有明确约定，否则违约金通常不会计算迟延利息。
三、法院判决的考量因素
实际损失：法院在判决时，会考虑守约方的实际损失情况。如果违约金已经足以弥补守约方因违约行为所遭受的损失，包括迟延利息等，那么法院可能不会再额外判决迟延利息。
公平原则：法院在判决时，还会遵循公平原则。如果违约金过高或过低，与守约方的实际损失不符，法院可能会根据公平原则进行调整。但这并不意味着违约金会自动包含迟延利息，而是根据具体情况进行裁量。
四、实际操作中的建议
明确合同条款：在签订建设工程合同时，应明确约定违约金和迟延利息的计算方式、支付条件等，以避免后续纠纷。
及时主张权利：如果发生违约行为，守约方应及时主张权利，包括要求支付违约金和迟延利息（如果合同有约定或法律有规定）。
咨询专业律师：在涉及复杂的工程款纠纷和违约金问题时，建议咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。
举例说明：假设一份建设工程合同中约定，如果发包方迟延支付工程款，应按照每日万分之五的标准支付违约金，但并未明确约定违约金是否包含迟延利息。在这种情况下，如果发包方迟延支付工程款，承包方可以要求发包方支付违约金，但通常不能直接要求违约金中包含迟延利息。除非承包方能够证明其因发包方迟延支付而遭受了额外的利息损失，并且这种损失超出了违约金的补偿范围，此时承包方可以另行主张迟延利息。但具体是否支持及支持多少，需由法院根据案件具体情况进行判决。
总结：违约金本身通常不会计算迟延利息，但具体是否计算及如何计算需依据合同约定、法律规定及法院判决来确定。在处理此类问题时，建议明确合同条款、及时主张权利，并在必要时咨询专业律师。