核心结论：针对您描述的“电动车挂摩托车牌且无证驾驶闯红灯被扣100元、扣6分”的情况，需分步骤处理：先确认车辆性质与处罚合法性，再根据结果选择接受处罚或申请复议/诉讼，最后及时处理违章并补办证件。以下是具体分析：

1. 确认车辆性质与处罚依据是否合法

• 车辆性质认定：电动车若实际属于非机动车（如时速≤25km/h、整车质量≤55kg等符合国标），但挂了摩托车牌，可能涉及“套牌”或“车辆类型误判”。根据《道路交通安全法》第16条，使用其他车辆号牌的，可扣留车辆、收缴号牌，并处200-2000元罚款；若电动车实际为机动车（如超标电动车），则需按机动车管理，但无证驾驶仍需单独处罚。
• 无证驾驶处罚：若车辆被认定为机动车，无证驾驶（未取得摩托车驾驶证）可依据《道路交通安全法》第99条，处200-2000元罚款，并可拘留15日以下。您提到的“扣6分”通常针对有证驾驶的违法行为，无证驾驶本身不扣分（因无驾驶证可扣），但若您已有其他驾驶证（如C1），可能因“准驾不符”被扣12分。此处需核实处罚决定书中的违法代码。
• 闯红灯处罚：闯红灯一般处200元罚款、扣6分（机动车），若车辆被认定为非机动车，则可能处5-50元罚款（各地标准不同）。您提到的“扣100元”可能是合并处罚或地方性规定，需以处罚决定书为准。

建议：先通过交警部门或“交管12123”APP查询违章详情，确认车辆性质认定、违法代码及处罚依据是否准确。

2. 对处罚有异议时的救济途径

• 申请行政复议：若认为处罚错误（如车辆性质认定错误、处罚幅度不当），可在收到处罚决定书之日起60日内向上一级交警部门或同级政府申请复议。需提交处罚决定书、身份证、复议申请书及证据（如车辆合格证、购买发票等证明车辆性质）。
• 提起行政诉讼：若复议结果不满意，可在收到复议决定书之日起15日内向法院起诉。诉讼需准备起诉状、证据材料，并注意诉讼时效。

提示：复议或诉讼期间，处罚一般不停止执行，但若证据充分，可能暂缓执行或撤销处罚。

3. 接受处罚后的处理步骤

• 缴纳罚款：通过“交管12123”APP、银行或指定窗口缴纳100元罚款，逾期可能产生滞纳金（每日3%，最高不超过罚款本金）。
• 处理扣分：若扣分针对其他驾驶证（如C1），需在记分周期结束前参加学习并考试合格，否则可能影响驾驶证使用。
• 补办证件/车牌：若车辆确属机动车，需尽快考取摩托车驾驶证；若车牌系套牌，需归还原车牌并重新办理合法手续。

4. 特殊情形提醒

• 车辆被扣留：若处罚涉及扣留车辆，需凭处罚决定书、身份证、购车凭证等领取车辆，并可能需缴纳停车费（部分地区免费）。
• 地方性规定：部分城市对电动车管理有特殊规定（如“禁摩限电”政策），需结合当地法规进一步分析。

总结：建议您先核实处罚依据是否合法，若存在争议及时申请复议或诉讼；若无异议，则按流程缴纳罚款、处理扣分，并补办相关证件。如有疑问，可进一步提供处罚决定书内容，我会帮您详细分析。