结论：公司未经法定程序将“四休二”的综合工时工作制改为“五休二”，可能不合法，具体需结合劳动合同约定、审批程序及变更合理性综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、综合工时工作制的法定要求

根据《劳动法》及相关规定，综合工时工作制需满足以下条件：

1. 审批程序：企业需向劳动行政部门申请并获得批准，未经审批不得擅自实行。
2. 适用范围：仅适用于因工作性质特殊需连续作业，或受季节、自然条件限制的企业（如交通、旅游、制造业等）。
3. 工时限制：在综合计算周期内（如周、月、季、年），平均日/周工作时间不得超过法定标准（每日8小时、每周40小时），且需保障劳动者休息权。

若公司未履行审批程序，或变更后未重新申请审批，则直接违反法律规定，变更无效。

二、劳动合同变更的合法性

根据《劳动合同法》第35条，变更劳动合同（包括工时制度）需满足：

1. 双方协商一致：公司需与劳动者书面协商并达成一致，单方变更无效。
2. 内容合法：变更后的工时制度不得违反法律强制性规定（如综合工时未审批、超时加班等）。

若公司未与劳动者协商，或协商未达成一致即强制变更，属于违法行为，劳动者可拒绝并主张原合同继续履行。

三、变更的合理性分析

即使公司履行了审批程序并协商一致，变更仍需符合以下合理性：

1. 经营必要性：公司需证明变更因生产经营需要（如订单减少、业务调整等），而非随意调整。
2. 劳动者权益保障：变更后需确保劳动者休息权不受侵害（如总工时未增加、加班费足额支付等）。

若公司无法证明变更合理性，或变更导致劳动者权益受损（如工资减少、休息时间减少），劳动者可主张变更无效或要求赔偿。

四、劳动者维权路径

若公司违法变更工时制度，劳动者可采取以下措施：

1. 与公司协商：要求恢复原工时制度或协商补偿方案。
2. 向劳动监察部门投诉：举报公司违法行为，要求查处并责令整改。
3. 申请劳动仲裁：主张公司违法变更合同，要求继续履行原合同或支付赔偿金。

建议劳动者在维权前收集证据：如劳动合同、原工时制度证明、变更通知、工资条、考勤记录等，以支持主张。

五、特殊情形提示

若公司因疫情等特殊原因临时调整工时制度，需符合以下条件：

1. 政府批准：需经劳动行政部门同意或符合政府发布的临时政策。
2. 临时性：调整需明确期限，期满后应恢复原制度。
3. 补偿机制：若调整导致劳动者收入减少，公司需协商补偿方案。

若公司以“特殊原因”为由长期变更工时制度，且未履行法定程序，仍属违法。

总结：公司擅自变更综合工时工作制是否合法，需结合审批程序、协商情况及变更合理性综合判断。若公司未履行法定程序或单方强制变更，劳动者有权拒绝并维权。如有具体证据或细节需进一步分析，可直接向我咨询。