结论：新三板退市后签订的股权还原协议，在符合相关法律法规且不存在其他无效情形时，通常是有效的。但具体效力还需根据协议内容、签订背景及双方真实意思表示等因素综合判断。

分析说明：

1. 协议效力的基本判断：

   • 股权还原协议，本质上是一种股权转让或股权归属确认的协议。在新三板退市后，公司不再受新三板挂牌规则的严格约束，但股权转让和归属确认仍需遵守《公司法》、《合同法》等相关法律法规。
   • 若股权还原协议是双方真实意思表示，内容合法合规，且不存在欺诈、胁迫、恶意串通等无效情形，那么该协议通常是有效的。

2. 新三板代持协议无效的影响：

   • 新三板代持协议无效，通常是因为代持行为违反了新三板挂牌规则或相关法律法规，如信息披露不真实、规避监管等。
   • 但代持协议的无效，并不直接影响退市后签订的股权还原协议的效力。股权还原协议是在代持关系结束后，对股权归属进行重新确认的协议，其效力应独立判断。

3. 股权还原协议效力的特殊考量：

   • 协议内容合法性：股权还原协议的内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定，如不得损害国家、集体或第三人的利益。
   • 双方真实意思表示：协议必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。若一方在签订协议时存在重大误解或显失公平，可能影响协议的效力。
   • 其他无效情形：如协议涉及恶意串通、损害社会公共利益等无效情形，也将影响协议的效力。

4. 实践中的操作建议：

   • 在签订股权还原协议前，建议双方对协议内容进行充分沟通，确保协议内容合法合规，且符合双方真实意思表示。
   • 若可能，建议咨询专业律师，对协议进行法律审查，以降低法律风险。
   • 签订协议后，双方应严格按照协议约定履行义务，确保协议的有效执行。

特殊场景：

• 若股权还原协议涉及公司其他股东的利益，如股权转让未经其他股东同意或损害其他股东优先购买权等，可能引发公司内部纠纷或影响协议的效力。因此，在签订协议时，应充分考虑公司其他股东的利益和意见。

后续行动建议：

• 若您对股权还原协议的效力存在疑问或担忧，建议直接向我咨询，提供协议的具体内容和签订背景，以便我为您提供更具体的法律建议。
• 在签订和执行股权还原协议过程中，如遇到任何法律问题或纠纷，也请及时向我咨询，以便我为您提供法律支持和帮助。