在质保期内，运费的承担方主要取决于合同约定以及具体的故障原因，以下分情况讨论：
合同有明确约定：
- 如果建设工程合同中明确规定了质保期内运费的承担方式，比如由哪一方负责运输、维修或更换部件的费用，那么应当遵循合同约定。这是合同自由原则的体现，双方应当按照约定履行各自的义务。
合同无明确约定，但故障由承包方原因造成：
- 如果合同中没有明确约定质保期内运费的承担方式，但故障是由于承包方的施工、材料或设计等原因造成的，那么根据《民法典》中关于合同履行的原则，承包方有义务承担修复或更换部件的费用，这通常包括将部件运输至现场的费用。因为承包方有责任确保其提供的工程或产品符合合同约定的质量标准。
合同无明确约定，且故障非承包方原因造成：
- 如果合同中没有明确约定，且故障并非由于承包方的原因造成，比如是由于使用不当、自然灾害等不可抗力因素导致的，那么运费的承担可能需要根据实际情况进行协商。在这种情况下，双方可以本着公平、合理的原则，共同分担运费或其他相关费用。
法律建议：
- 在签订建设工程合同时，建议双方明确约定质保期内运费的承担方式，以避免后续争议。
- 如果合同中没有明确约定，且发生争议，建议双方首先通过协商解决。协商不成的，可以寻求第三方调解或仲裁，甚至通过诉讼途径解决。
- 在处理此类争议时，建议保留好相关证据，如合同、维修记录、运输单据等，以便在需要时证明自己的主张。
可能后果：
- 如果双方无法就运费的承担达成一致，可能会导致工程维修或更换部件的延误，进而影响工程的整体进度和使用。
- 长期的争议和诉讼不仅会增加双方的成本，还可能损害双方的商业信誉和合作关系。
因此，在处理质保期内运费承担的问题时，建议双方本着诚信、合作的原则，通过协商或法律途径妥善解决争议。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。