关于室内门市房有自备井且办了用水许可证是否合理合法的问题，这主要取决于多个因素，包括当地的水资源管理政策、自备井的使用规定以及用水许可证的具体内容等。以下是从不同角度进行的分析：

1. 自备井的合法性：

   • 在一些地区，由于公共供水系统可能无法满足所有用户的需求，或者由于地理位置、地形等因素，自备井可能是合法的。但通常需要获得相关部门的批准，并遵守一定的使用规定，如不得擅自开采地下水、不得污染水源等。
   • 如果当地政策明确禁止或限制自备井的使用，那么即使办理了用水许可证，也可能存在违法风险。

2. 用水许可证的作用：

   • 用水许可证是水资源管理部门对用水户进行水资源管理和监督的一种手段。它通常规定了用水户的用水量、用水方式、用水时间等具体要求。
   • 办理用水许可证并不意味着可以无限制地使用水资源。如果自备井的使用超出了许可证规定的范围，或者违反了水资源管理的相关规定，仍然可能面临法律责任。

3. 室内门市房的特殊情况：

   • 对于室内门市房来说，如果其自备井主要用于商业用途（如提供饮用水、冲洗等），那么需要特别注意水资源的合理利用和保护。
   • 如果自备井的使用对周边环境或公共供水系统造成了影响，或者违反了当地的水资源管理政策，那么即使办理了用水许可证，也可能面临整改或处罚。

4. 合规建议：

   • 了解当地政策：首先，需要了解当地关于自备井使用和水资源管理的具体政策。这可以通过咨询当地的水资源管理部门或查阅相关政策文件来实现。
   • 合规使用：如果自备井的使用是合法的，并且已经办理了用水许可证，那么需要确保按照许可证的规定和当地政策的要求合规使用水资源。
   • 定期检查与维护：定期对自备井进行检查和维护，确保其正常运行且不会对周边环境或公共供水系统造成影响。
   • 应对检查与处罚：如果面临水资源管理部门的检查或处罚，需要积极配合并按照要求进行整改。如果认为处罚不当或存在争议，可以通过法律途径进行维权。

总结来说，室内门市房有自备井且办了用水许可证并不一定完全合理合法，这取决于当地的水资源管理政策、自备井的使用规定以及用水许可证的具体内容。为了确保合规使用水资源并避免法律风险，建议了解当地政策、合规使用水资源、定期检查与维护自备井，并在面临检查或处罚时积极应对。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。