作为拥有多领域法律实务经验的律师，针对“员工干了两个月申请劳动仲裁怎么办”这一问题，核心结论是：企业应积极应对劳动仲裁，根据不同情况采取相应策略，包括核查事实、准备证据、协商调解或参与仲裁程序等。以下是具体分析：

1. 核查事实与法律依据
   企业需首先核实员工申请仲裁的具体诉求（如未签劳动合同双倍工资、拖欠工资、违法解除等）及事实依据。例如，若员工主张未签合同，企业应检查是否确实未签署书面合同，或是否存在已签署但未归档的情况；若主张拖欠工资，需核对工资发放记录与考勤记录是否一致。根据《劳动合同法》第82条，未签合同需支付双倍工资差额，但若企业能证明已尽诚信磋商义务（如提供协商记录），可能免除部分责任。

2. 准备证据材料
   企业需围绕争议焦点收集证据，包括但不限于：

   • 劳动合同、入职登记表、考勤记录（证明劳动关系存续期间）；
     
   • 工资条、银行转账记录（证明工资支付情况）；
     
   • 规章制度、员工签字确认文件（证明解除合法性或违纪事实）；
     
   • 协商记录（如微信、邮件，证明企业已积极处理争议）。
     证据需符合“三性”（真实性、关联性、合法性），例如考勤记录需有员工签字或电子系统记录，否则可能被仲裁委排除。

3. 协商调解优先
   根据《劳动争议调解仲裁法》第5条，仲裁前可申请调解。企业可主动与员工沟通，了解其真实诉求（如是否因家庭困难急需资金），通过补发工资、支付部分补偿等方式达成和解。调解协议经仲裁委确认后具有法律效力，可快速解决争议并降低企业成本。

4. 参与仲裁程序
   若调解不成，企业需在收到仲裁申请书后10日内提交答辩状，并按时出庭。仲裁程序中需注意：

   • 避免缺席，否则可能被直接裁决败诉；
     
   • 围绕员工诉求反驳，例如若员工主张违法解除，企业需证明解除依据（如严重违纪）且程序合法（如通知工会）；
     
   • 申请证人出庭或鉴定证据（如笔迹鉴定合同真实性）。

5. 后续风险防范
   无论仲裁结果如何，企业均需完善用工管理：

   • 及时签订书面合同，最迟不超过入职1个月；
     
   • 规范工资支付流程，保留转账凭证；
     
   • 制定合法有效的规章制度，并组织员工学习签字；
     
   • 解除劳动关系时留存书面证据（如违纪通知、返岗通知）。

温馨提示：劳动仲裁结果对企业用工合规性有重要影响，建议企业根据具体情况制定应对策略。若有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细分析。