结论：农村修二层小楼时，与包工头签订安全合同是有用的，但合同的具体效力及能否完全避免风险，取决于合同内容、签订过程及后续执行情况。以下从多个角度详细分析：

一、安全合同的法律意义

1. 明确双方责任：安全合同可以明确业主和包工头在施工过程中的安全责任，包括但不限于施工安全措施、工人安全培训、事故责任承担等。这有助于在发生安全事故时，快速确定责任方，减少纠纷。

2. 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，双方自愿签订的合同，只要内容合法、不违反公序良俗，即具有法律效力。因此，一份合法有效的安全合同，可以作为双方履行义务、承担责任的法律依据。

二、安全合同的实际作用

1. 预防风险：通过签订安全合同，可以促使包工头更加重视施工安全，采取必要的安全措施，从而降低安全事故发生的概率。

2. 纠纷解决：在发生安全事故或施工纠纷时，安全合同可以作为解决纠纷的重要依据。合同中明确约定的责任划分和赔偿条款，有助于双方快速达成和解，减少诉讼成本和时间。

三、签订安全合同的注意事项

1. 合同内容要全面：安全合同应详细列明施工过程中的各项安全要求、责任划分、赔偿标准等。避免使用模糊或歧义的条款，确保合同内容明确、具体。

2. 双方签字盖章：合同必须经双方签字或盖章确认，以确保合同的合法性和有效性。同时，建议保留好合同原件或复印件，以备不时之需。

3. 考虑第三方监督：如果条件允许，可以邀请第三方机构或个人对施工过程进行监督，确保安全合同得到切实履行。这有助于增强合同的执行力和公信力。

四、安全合同不能完全避免的风险

1. 合同履行问题：即使签订了安全合同，如果包工头不按照合同约定履行义务，仍然可能发生安全事故。此时，业主需要通过法律途径追究包工头的责任。

2. 不可抗力因素：如自然灾害等不可抗力因素导致的事故，可能超出合同约定的范围。此时，双方需要根据实际情况协商解决或依据相关法律法规处理。

建议：在农村修二层小楼时，与包工头签订安全合同是非常有必要的。但合同只是预防风险的一种手段，不能完全依赖合同来避免所有风险。业主在施工过程中应保持警惕，定期检查施工进度和安全措施落实情况，确保施工安全。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。