结论：销售伪劣肥料导致六百万元损失，法院判处三年以下有期徒刑并不一定违法，但具体是否违法需结合案件的具体情况，如销售金额、犯罪情节、认罪态度等因素综合判断。
一、销售伪劣化肥罪的量刑标准
根据《中华人民共和国刑法》第一百四十七条的规定，销售伪劣化肥罪的量刑标准主要依据生产遭受的损失程度以及销售金额来确定：
使生产遭受较大损失：
- 量刑：处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金。
- 司法实践起点：通常认为“较大损失”以二万元为起点。若销售金额达到五万元以上且符合其他条件，也可能面临相同量刑。
使生产遭受重大损失：
- 量刑：处三年以上七年以下有期徒刑，并处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金。
- 司法实践起点：一般以十万元为“重大损失”的起点。销售金额若达到二十万元以上且造成相应损失，将可能受到此量刑。
使生产遭受特别重大损失：
- 量刑：处七年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金或者没收财产。
- 司法实践起点：“特别重大损失”通常以五十万元为起点。
二、具体案件分析
在您提到的案件中，销售伪劣肥料导致六百万元损失，这明显属于“使生产遭受特别重大损失”的范畴。然而，法院最终判处三年以下有期徒刑，这可能意味着：
销售金额未达到特别重大损失的标准：
- 尽管损失金额巨大，但如果销售金额未达到司法实践中认定的“特别重大损失”的起点（如五十万元以上，但具体标准可能因地区和案件情况而异），法院可能不会直接适用最重的量刑档次。
存在其他量刑情节：
- 法院在判决时可能考虑了被告人的犯罪情节、认罪态度、悔罪表现、是否主动赔偿被害人损失等因素，这些因素可能影响了最终的量刑结果。例如，如果被告人积极认罪、悔罪并主动赔偿了部分或全部损失，法院可能会酌情从轻或减轻处罚。
法律适用和证据认定：
- 法院在判决时还需严格依据法律和证据进行认定。如果证据显示被告人的行为虽然造成了巨大损失，但存在某些法定或酌定的从轻或减轻情节，法院也会依法作出相应判决。
三、法律建议
审查判决依据：
- 如果您对判决结果有疑问，可以仔细审查法院的判决书，了解法院认定的事实、证据和法律适用情况。
考虑上诉或申诉：
- 如果您认为判决结果存在错误或不当之处，可以在法定期限内提出上诉或申诉，寻求法律救济。
加强法律意识：
- 对于企业和个人而言，应加强法律意识，遵守相关法律法规，避免从事违法犯罪活动。同时，在面临法律纠纷时，应及时咨询专业律师，了解自身权利和义务，维护合法权益。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，法院在判决时会综合考虑多种因素。因此，在评价一个判决是否违法时，需要全面、客观地分析案件的具体情况和法院的判决依据。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。