在门市房出租合同中明确约定一切税费由乙方承担时，甲方可通过以下条款设计确保合同安全且符合法律要求：

1. 明确税费种类与承担主体
   在合同中详细列明乙方需承担的税费种类（如房产税、土地使用税、增值税、个人所得税、城市维护建设税、教育费附加等），并明确约定“本合同项下因租赁关系产生的所有税费（包括但不限于上述税费）均由乙方承担”。避免使用“一切税费”等模糊表述，防止因税费种类不明确引发争议。

2. 约定税费缴纳方式与凭证提供
   明确乙方缴纳税费的时间节点（如每月/每季度/每年X日前）、缴纳方式（如自行申报或委托甲方代缴），并要求乙方在缴纳后X日内向甲方提供完税凭证。若乙方未按时缴纳导致甲方被追缴或处罚，乙方需承担甲方因此产生的全部损失（包括但不限于税费、滞纳金、罚款及维权费用）。

3. 设置税费调整条款
   因政策调整导致税费种类、税率或计算方式变更时，乙方仍需承担变更后的税费。若因政策调整导致甲方需额外承担税费，乙方需在收到甲方通知后X日内补足差额。

4. 与租金条款衔接
   若租金为“净租金”（即甲方实收租金，税费由乙方另行承担），需在合同中明确“租金为不含税价格，乙方需自行承担租赁期间产生的所有税费”。若租金为“含税租金”（即租金中已包含税费），则需明确税费计算方式及调整机制，避免因税费变化导致租金争议。

5. 违约责任与救济条款
   若乙方未按约定承担税费，甲方有权从押金中扣除相应金额，或要求乙方在X日内补缴并支付违约金（如未缴金额的X%）。若因乙方违约导致甲方被税务机关追缴或处罚，乙方需承担甲方因此产生的全部损失。

6. 合法性审查与风险提示
   根据《民法典》第七百零三条，租赁合同是出租人将租赁物交付承租人使用、收益，承租人支付租金的合同。税费承担条款属于双方对合同义务的分配，不违反法律强制性规定，但需注意：

   • 甲方不得通过合同约定将自身法定义务（如个人所得税代扣代缴义务）转嫁给乙方，否则可能被税务机关认定为无效条款；
     
   • 若合同约定甲方代缴税费，需明确代缴不免除乙方最终责任，避免甲方因代缴后无法追偿而受损。

示例条款：
“租赁期间，因本合同产生的房产税、土地使用税、增值税、个人所得税等所有税费（包括但不限于上述税费及因政策调整新增的税费）均由乙方承担。乙方应于每月/每季度/每年X日前自行向税务机关申报并缴纳，或在收到甲方通知后X日内将税费支付至甲方指定账户，由甲方代为缴纳。乙方需在缴纳后X日内向甲方提供完税凭证。若因乙方未按时缴纳导致甲方被追缴或处罚，乙方需承担甲方因此产生的全部损失（包括但不限于税费、滞纳金、罚款及维权费用）。因政策调整导致税费种类、税率或计算方式变更的，乙方仍需承担变更后的税费。”

建议：合同签订前，甲方可要求乙方提供税务合规证明（如完税证明或税务机关出具的无欠税证明），降低乙方违约风险。若涉及大额租赁或复杂税务问题，可进一步咨询我优化条款设计。