被告若认为欠条已超过诉讼时效期，可在诉讼中提出诉讼时效抗辩，法院将依法审查并决定是否采纳该抗辩。具体处理方式及法律后果如下：

1. 提出诉讼时效抗辩
   被告需在诉讼过程中（如答辩状、庭审阶段）明确提出“欠条已超过诉讼时效”的抗辩理由，并说明具体计算方式（如欠条签订日期、还款期限届满日等）。若被告未主动提出，法院通常不会主动审查诉讼时效问题。

2. 法院审查要点

   • 诉讼时效期间：普通诉讼时效为3年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算（如欠条约定还款日，则从次日起算）。
     
   • 中断或中止情形：若原告能证明诉讼时效曾因被告同意履行、部分还款、提起诉讼等行为中断（重新计算3年），或因不可抗力、无民事行为能力等情形中止（暂停计算），则抗辩可能不成立。
     
   • 被告自愿履行：若被告在诉讼时效届满后仍自愿履行部分债务，视为放弃时效利益，不得再以时效抗辩。

3. 抗辩成立的法律后果
   若法院认定欠条确实超过诉讼时效且无中断、中止情形，将驳回原告的诉讼请求（即原告丧失胜诉权）。但需注意：

   • 实体权利未消灭：原告仍可向被告主张还款，但无法通过法院强制执行。
     
   • 被告自愿履行的有效性：若被告事后自愿还款，不得以“不知时效已过”为由要求返还。

4. 被告未提抗辩的后果
   若被告未在诉讼中提出时效抗辩，法院将依法审理案件并支持原告的合法诉求。被告事后不得以“时效已过”为由申请再审或抗辩。

建议：

• 被告应保留欠条原件、还款记录、沟通记录等证据，以证明诉讼时效起算点及是否存在中断情形。
  
• 若对时效计算有疑问，可委托律师分析具体案情，制定抗辩策略。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。