结论：
- 被海关扣留后的处理：应积极配合海关调查，提供相关证明材料，并依法申请行政复议或提起行政诉讼（如认为海关行为违法）。
- 出入境携带现金的规定：中国海关规定，出入境人员携带人民币现钞超过2万元，或外币现钞折合超过5000美元（等值500万日元约合3.3万美元，远超限额），需向海关书面申报。
- 合法携带500万日元的方式：可通过银行转账、国际汇款、旅行支票等非现金方式转移资金；若需携带现金，可分多次携带（每次不超过等值5000美元），或依法申报后携带。
1. 被海关扣留后的处理
若您携带500万日元入境时未申报，被海关扣留，需按以下步骤处理：
- 配合调查：如实说明资金来源、用途及携带目的，提供相关证明（如银行取款凭证、境外消费合同等）。
- 补办申报手续：若资金合法，可向海关补交书面申报单，申请放行。
- 接受处罚：若未申报且无法证明资金合法性，可能面临罚款（一般处以应申报金额的10%-50%），甚至没收超额部分。
- 行政复议或诉讼：若认为海关处罚不当，可在收到处罚决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内直接向法院提起行政诉讼。
法律依据：
《中华人民共和国海关法》第四十六条、第八十五条；《中华人民共和国国家货币出入境管理办法》第三条。
2. 出入境携带现金的规定
中国海关对携带现金的规定如下：
- 人民币：每人每次携带限额为2万元，超出部分需申报。
- 外币：每人每次携带等值5000美元以下（含5000美元）无需申报；超出部分需向海关书面申报，并提供《携带外汇出境许可证》或银行外币携带证。
500万日元的合规性：
按当前汇率（1日元≈0.066美元），500万日元约合33万美元，远超等值5000美元限额。若未申报，属于违法行为。
3. 合法携带500万日元的方式
若需将500万日元从境外带入中国，建议通过以下方式：
- 银行转账：通过境内银行接收境外汇款，需提供身份证明及资金用途证明（如贸易合同、留学费用证明等）。
- 国际汇款：通过西联汇款、速汇金等机构汇款，单笔限额通常为1万美元，可分多次操作。
- 旅行支票：购买等值500万日元的旅行支票，入境时无需申报，但需注意兑换手续费。
- 分次携带：若坚持携带现金，可分多次入境（每次不超过等值5000美元），但需承担时间成本及多次申报的麻烦。
- 依法申报：若资金合法且需一次性携带，可向海关提交书面申报单及证明材料，经审核后放行。
风险提示：
未申报携带超额现金可能被认定为“走私行为”，除罚款外，还可能影响个人征信记录，甚至面临刑事责任（如涉及洗钱、逃税等）。
如有进一步疑问（如具体申报流程、资金合法性证明等），可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细指导。