非法经营所得的款项属于赃款，应当依法予以追缴或没收。以下是详细分析：
非法经营所得款项的性质
根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。非法经营罪作为破坏社会主义市场经济秩序的犯罪，其违法所得（即通过非法经营活动获取的款项）自然属于“赃款”范畴。这类款项因缺乏合法依据，其本质是对市场秩序和公共利益的侵害，法律明确禁止其保留或流转。
处理方式及法律依据
- 追缴或没收：司法机关在侦查、审查起诉或审判阶段，会依法对非法经营所得的款项进行查封、扣押、冻结，并在判决中明确追缴或没收。例如，若非法经营行为涉及销售伪劣产品，所得款项需全部追缴；若涉及未经许可经营专营、专卖物品，所得利润同样需没收。
- 退赔被害人：若非法经营行为直接侵害了特定主体的合法权益（如消费者因购买假冒商品遭受损失），司法机关会责令犯罪分子向被害人退赔。退赔范围以实际损失为限，超出部分仍需追缴。
- 上缴国库：追缴或没收后的款项，会依法上缴国库，不得挪作他用。这是对国家利益和公共秩序的补偿，也是法律对犯罪行为的否定性评价。
实务中的注意事项
- 证据固定：处理非法经营所得时，需严格依据证据链（如账目记录、交易合同、银行流水等）确定款项性质及金额。若证据不足，可能影响追缴或没收的效力。
- 程序合法性：追缴或没收需通过法定程序进行，例如公安机关需出具《扣押决定书》，法院需在判决中明确处置方式。程序瑕疵可能导致处置行为被撤销或确认违法。
- 与行政处罚的衔接：若非法经营行为同时违反行政法规（如《无证无照经营查处办法》），行政机关可能对违法所得予以没收。此时需注意司法追缴与行政处罚的衔接，避免重复处理。
对当事人的建议
- 主动配合调查：若涉嫌非法经营，当事人应如实说明款项来源及用途，积极配合司法机关查清事实。隐瞒或转移财产可能构成妨害作证罪或洗钱罪，加重法律责任。
- 申请合法财产返还：若部分款项与非法经营无关（如合法收入混同其中），当事人可提供证据申请返还。司法机关会依法审查并作出处理。
- 关注量刑情节：非法经营所得的金额是量刑的重要依据。若当事人能主动退缴违法所得，可能被认定为“认罪认罚”或“积极退赃”，从而获得从轻处罚。
非法经营所得的款项必须依法处理，任何试图隐匿、转移或私分的行为均可能构成新的犯罪。若您或他人涉及此类问题，建议直接向我咨询具体案件细节，以便进一步分析法律风险及应对策略。