针对村集体自己建设的违章建筑，处理方式需结合法律程序、行政管理和实际影响综合判断。以下是具体分析：

1. 法律定性是前提
   根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或未按许可建设的建筑，属于违法建设。村集体作为建设主体，同样需承担法律责任，不存在“集体免责”的特殊情形。需先通过自然资源部门或综合执法部门认定建筑性质（如是否可采取改正措施消除影响）。

2. 处理路径分两种情况

   • 可改正类违章建筑：若建筑符合规划要求但手续不全（如未办理乡村建设规划许可证），可通过补办手续合法化。需提交用地证明、建设工程设计方案等材料，经乡镇政府审核后报县级部门审批。
     
   • 必须拆除类违章建筑：若建筑占用基本农田、生态保护红线，或存在严重安全隐患（如擅自加层导致结构不稳），行政机关可作出《责令限期拆除决定书》。村集体需在法定期限内自行拆除，逾期未拆的将面临强制执行，强制费用由村集体承担。

3. 程序合规是关键
   行政机关处理违章建筑需严格遵循《行政强制法》程序：

   • 立案调查→现场勘验→听取陈述申辩→作出处罚决定→催告→强制执行公告→实施拆除
     若村集体认为处罚决定违法（如认定事实错误、程序违法），可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。例如，曾有案例中行政机关未履行催告程序直接拆除，法院判决确认拆除行为违法并赔偿损失。

4. 特殊情形需注意

   • 历史遗留问题：若建筑建于《城乡规划法》实施前（2008年1月1日前），部分地区允许通过补缴罚款、完善手续等方式“转正”，但需符合当地政策。
     
   • 公共利益需要：若建筑涉及拆迁、征地等项目，村集体可与政府部门协商，通过“以拆代补”方式争取补偿，但需注意补偿标准需符合《土地管理法》第四十八条规定。

建议行动步骤：

1. 立即停止施工，避免扩大违法状态；
   
2. 委托专业机构对建筑进行安全鉴定（若涉及拆除）；
   
3. 向当地自然资源部门申请信息公开，核实土地性质和规划要求；
   
4. 根据调查结果选择补办手续、协商拆除或行政复议/诉讼。
   

若涉及具体案件细节（如建筑用途、建设时间、行政机关处罚内容等），可进一步提供信息，我会结合案例为您分析应对策略。