农村土地由农民个体户变为合作社，主要涉及土地经营权流转及合作社设立两个核心环节，流程与费用需分情况确定，具体如下：
一、流程确定
土地经营权流转流程
- 协商与签订流转合同：农民个体户与合作社就土地经营权流转事宜进行协商，明确流转方式（出租、入股等）、流转期限、流转价格及支付方式等关键条款，并签订书面流转合同。
- 备案与登记：根据《农村土地承包法》及相关规定，流转合同需向发包方（村集体经济组织或村民委员会）备案，并可能涉及向乡镇人民政府土地管理部门进行登记，以确保流转的合法性和有效性。
- 土地交付与经营权变更：农民个体户将土地交付给合作社使用，合作社取得土地经营权，并按照合同约定进行农业生产经营活动。
合作社设立流程
- 制定章程：由发起人制定合作社章程，明确合作社的名称、住所、业务范围、成员资格及权利义务、组织机构、财务管理等事项。
- 召开设立大会：由发起人召集设立大会，审议并通过合作社章程，选举产生理事会、监事会等组织机构成员。
- 办理登记手续：向工商行政管理部门申请设立登记，提交相关材料（如设立大会纪要、章程、成员身份证明等），经审查合格后领取营业执照，合作社正式成立。
二、费用确定
土地经营权流转费用
- 流转价格：由农民个体户与合作社协商确定，通常考虑土地质量、地理位置、流转期限、市场行情等因素。流转价格可以是一次性支付，也可以是分期支付，具体方式在合同中明确。
- 中介服务费：如果通过土地流转中介服务机构进行流转，可能需要支付一定的中介服务费。该费用标准因地区和服务内容而异，需与中介机构协商确定。
- 税费：根据国家税收政策，土地经营权流转可能涉及增值税、印花税等税费。具体税费标准需咨询当地税务部门。
合作社设立费用
- 注册资金：合作社的注册资金由成员出资构成，出资方式可以是货币、实物、知识产权等。注册资金数额需根据合作社的实际经营需要和成员的经济能力确定。
- 登记费用：向工商行政管理部门申请设立登记时，需缴纳一定的登记费用。该费用标准因地区而异，需咨询当地工商行政管理部门。
- 其他费用：如章程制定费、设立大会组织费、办公场所租赁费等，这些费用因合作社的实际情况而异，需根据实际情况进行预算和支付。
建议：在具体操作过程中，建议农民个体户和合作社充分沟通协商，明确各自的权利义务和费用承担方式，并签订书面合同以规避潜在风险。同时，可以咨询当地农业部门或法律专业人士以获取更具体的指导和帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请随时向我咨询。