在不当出生案件中申请司法鉴定，通常需要鉴定因果关系。以下从不同角度进行分析：

1. 因果关系鉴定的必要性
   不当出生案件的核心争议在于医疗机构是否存在过错，且该过错与新生儿出生缺陷之间是否存在因果关系。根据《民法典》侵权责任编及医疗损害责任相关规定，医疗机构承担赔偿责任需满足四个要件：过错行为、损害后果、过错与损害的因果关系、行为违法性。其中，因果关系是连接过错与损害的关键环节。若未鉴定因果关系，则无法证明医疗机构过错与新生儿出生缺陷之间的直接关联，法院可能因证据不足驳回诉求。

2. 因果关系鉴定的内容
   司法鉴定需明确两层因果关系：

   • 医疗过错与出生缺陷的因果关系：例如，医疗机构是否未履行产前筛查义务、未及时告知胎儿异常风险、未建议终止妊娠等，导致新生儿出生缺陷未能避免。
     
   • 出生缺陷与损害后果的因果关系：需证明新生儿出生缺陷本身构成法律意义上的“损害”（如长期医疗支出、护理需求、生活质量下降等），而非单纯自然生育结果。

3. 例外情形
   若医疗机构过错明显（如未进行法定产检项目、伪造病历等），且出生缺陷与过错存在高度盖然性关联（如未筛查出本应通过常规检查发现的缺陷），法院可能结合其他证据（如医学文献、行业规范）推定因果关系存在，无需单独鉴定。但此类情形需以充分证据为基础，实践中仍建议通过鉴定增强证明力。

4. 鉴定程序建议

   • 同时申请过错与因果关系鉴定：在委托司法鉴定时，应明确要求鉴定机构对医疗过错、因果关系及参与度（若存在多因一果）一并出具意见。
     
   • 选择有资质的鉴定机构：优先选择具备医疗损害鉴定资质的机构，确保鉴定结论符合《医疗纠纷预防和处理条例》要求。
     
   • 补充专家意见：若鉴定结论不利，可申请专家辅助人出庭，对鉴定方法、结论合理性提出质疑，或通过重新鉴定完善证据链。

总结：不当出生案件中，因果关系鉴定是证明医疗机构责任的核心环节，通常需通过司法鉴定明确过错与损害的关联性。若存在明显过错或高度盖然性关联，可结合其他证据推定因果关系，但鉴定仍是最稳妥的证明方式。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。