结论：拿月薪且双休的情况下，公司扣工资是否合法，需根据具体情况判断，主要包括是否违反劳动合同约定、是否符合法定扣减情形以及公司规章制度是否合法有效等。以下从不同角度详细分析：

一、劳动合同约定角度

1. 若劳动合同中有明确约定：如果劳动合同中明确规定了月薪的具体数额以及双休日的工资支付方式，且没有约定在特定情况下可以扣减工资，那么公司扣工资的行为通常是不合法的。因为劳动合同是双方自愿达成的协议，具有法律约束力，公司应当按照合同约定支付工资。

2. 若劳动合同中有模糊或未约定情形：如果劳动合同中对工资支付方式或扣减条件约定不明确，或者没有涉及双休日工资的问题，那么就需要参考其他相关法律法规和公司规章制度来判断公司扣工资的行为是否合法。

二、法定扣减情形角度

根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，公司在某些特定情况下可以扣减员工工资，但这些情形通常与员工的过错或违法行为相关，如：

1. 员工造成经济损失：如果员工因本人原因给公司造成经济损失，公司可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从员工本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

2. 员工违反公司规章制度：如果公司规章制度中明确规定了某些行为可以扣减工资，且这些规章制度已经过民主程序制定并公示，员工也已知悉并同意，那么在这些情况下公司扣减工资可能是合法的。但需要注意的是，公司规章制度的内容必须合法，不能违反法律法规的强制性规定。

三、公司规章制度角度

1. 规章制度合法有效：如果公司规章制度中明确规定了双休日工资的支付方式或扣减条件，且这些规章制度已经过民主程序制定、公示并告知员工，同时内容合法不违反法律法规的强制性规定，那么在这些情况下公司按照规章制度扣减工资可能是合法的。

2. 规章制度无效或未公示：如果公司规章制度没有经过民主程序制定、未公示或未告知员工，或者内容违法违反法律法规的强制性规定，那么这些规章制度对员工不具有约束力，公司不能依据这些规章制度扣减员工工资。

四、建议与行动

1. 核对劳动合同：首先核对劳动合同中关于工资支付和扣减的条款，确认公司扣工资的行为是否违反了合同约定。

2. 了解公司规章制度：了解公司规章制度中关于工资支付和扣减的规定，确认这些规定是否合法有效并已公示告知。

3. 与公司沟通协商：如果认为公司扣工资的行为不合法或不合理，可以与公司进行沟通协商，要求公司说明扣工资的原因和依据，并寻求解决方案。

4. 寻求法律援助：如果沟通协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

示例：假设小张与公司签订的劳动合同中明确规定了月薪为8000元，且没有约定在特定情况下可以扣减工资。某个月，公司以小张在双休日未加班为由扣减了其部分工资。在这种情况下，公司扣工资的行为很可能是不合法的，因为劳动合同中没有约定这种情况可以扣减工资，且双休日是员工的休息日，公司无权要求员工加班或扣减工资。小张可以与公司沟通协商，要求公司补发被扣减的工资；如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。