一次运输49条香烟是否违法，主要取决于运输目的、方式以及是否遵守相关法律法规。在符合规定限量且为个人自用的情况下，通常不违法；但若用于商业经营或运输方式不当，则可能构成违法。以下是对这一问题的详细分析：
一、不违法的情况
个人携带：
- 根据《中华人民共和国烟草专卖法》及《国家烟草专卖局关于规范异地携带卷烟管理和携带证使用的通知》，个人乘坐车、船、飞机等交通工具，跨地（市）携带卷烟的最高限量为每人次1万支（即50条）。因此，在不超过这一限量，并且确系个人正常自用、合理数量的情况下，一次运输49条香烟是合法的。
人货不分：
- 若运输过程中人货未分离，即视为个人携带，同样遵循上述限量规定。49条香烟未超过限额，因此不违法。
二、违法的情况
商业经营：
- 如果运输目的不是个人自用，而是用于销售等商业经营活动，且在没有取得相应烟草专卖许可证的情况下，即使数量未达50条，也属于违法行为。烟草作为专卖品，未经许可从事相关经营行为将违反《烟草专卖法》。
人货分离：
- 若采用邮寄、托运等方式进行运输，且人货分离，则必须严格遵守限量规定。具体来说，邮寄、托运卷烟每件以2条为限，超过此限制即属违法。同时，每人每次限寄一件，不得多件或多次交寄。
逃避监管：
- 即使在数量上未超标，但如果运输行为存在逃避监管、故意隐匿等不正常情况，也可能被认定为违法。
三、违法运输的处罚
对于无准运证或者超过准运证规定的数量托运或者自运烟草专卖品的，根据《中华人民共和国烟草专卖法》及相关规定，将处以违法运输的烟草专卖品价值百分之二十以上百分之五十以下的罚款，并可以按照国家规定的价格收购违法运输的烟草专卖品。在某些严重情况下，如非法运输的烟草专卖品价值超过一定数额、被多次处罚、抗拒检查或非法运输走私烟草专卖品等，将面临更严厉的处罚，包括没收违法运输的烟草专卖品和违法所得，甚至可能承担刑事责任。
四、建议与指导
明确运输目的：
- 在运输香烟前，应首先明确运输目的是个人自用还是商业经营。如果是个人自用且数量在限额内，可以选择携带或按规定邮寄；如果是商业经营需要，则必须依法取得相应的烟草专卖许可证，并严格按照许可范围进行运输和经营。
遵守运输规定：
- 如果采用邮寄、托运等方式进行运输，应严格遵守限量规定，确保人货不分离，并避免任何形式的逃避监管或隐匿行为。
积极配合监管：
- 在运输过程中，应积极配合相关部门的监管工作，如接受检查、提供相关证明文件等，以避免不必要的法律纠纷。
综上所述，一次运输49条香烟是否违法需综合考虑多个因素，包括运输目的、方式以及是否遵守相关法律法规等。在运输前务必了解并遵守相关规定，以免触犯法律。如果您在运输香烟方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。