当案件立案后发现证据不足时，处理方式会因诉讼程序的不同而有所差异。以下是针对不同诉讼程序下，证据不足时的具体处理方式：

1. 刑事诉讼中的处理

• 侦查阶段：

  • 若公安机关在侦查过程中发现证据不足，无法证明犯罪嫌疑人有罪，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百六十三条，应当撤销案件。若犯罪嫌疑人已被逮捕，应立即释放，并发给释放证明，同时通知原批准逮捕的人民检察院。

• 审查起诉阶段：

  • 人民检察院在审查案件时，如认为需要补充侦查，可退回公安机关补充侦查，也可自行侦查。补充侦查以二次为限。若经过两次补充侦查后，人民检察院仍认为证据不足，不符合起诉条件，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条第二款及第三款、第一百七十七条第一款，应作出不起诉决定。

• 审判阶段：

  • 在法庭审理过程中，若证据不足，不能认定被告人有罪，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定及精神，特别是关于无罪判决的部分，法院应作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。

2. 民事诉讼中的处理

• 在民事诉讼中，若立案后证据不足，负有举证责任的当事人需承担不利后果。即，其主张可能不会得到法院的支持。法院在判决前会给予当事人机会去补充证据，但若最终证据仍然不足，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第六十七条第一款及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条，可能判决原告败诉。

3. 行政诉讼中的处理

• 在行政诉讼中，被告对作出的行政行为负有举证责任，应提供作出该行政行为的证据和所依据的规范性文件。若被告提供的证据不足，根据《中华人民共和国行政诉讼法》第三十四条、第七十条，可能会承担败诉的后果。法院可能判决撤销或部分撤销行政行为，并要求被告重新作出行政行为。

应对建议

• 及时补充证据：在发现证据不足时，应尽快通过合法途径补充证据，如重新调查取证、申请法院调取相关证据、委托专业机构进行鉴定等。
• 咨询专业律师：虽然这里我作为汤伟勤律师已经给出了专业的解答，但在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同。因此，在面临证据不足的情况时，及时咨询专业律师，了解相关法律规定，并采取合适的应对措施，是非常重要的。不过，既然你已经在向我咨询，我会尽我所能为你提供全面的法律帮助。
• 调整诉讼策略：根据证据情况，适时调整诉讼策略，如变更诉讼请求、转换法律关系等，以最大限度地维护自身权益。

无论是刑事诉讼、民事诉讼还是行政诉讼，当立案后发现证据不足时，都需依法进行处理。各诉讼程序均有其特定的规定和流程，以确保案件的公正、合法处理。如果你在具体案件中遇到证据不足的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况，给出更具体的法律建议。