在认缴制下，已经出资的股东在公司清算时的处理方式，核心结论如下：

1. 股东已履行出资义务的，原则上不再承担额外责任
   根据《公司法》及相关司法解释，认缴制下股东的出资义务以章程约定的期限和金额为限。若股东已按期足额缴纳出资（需留存出资凭证如银行转账记录、验资报告等），在公司清算时，其责任已履行完毕，无需再以个人财产对公司债务承担补充责任。
   例外情形：若股东存在抽逃出资、虚假出资等违法行为，即使已“出资”，仍需在抽逃/虚假出资范围内对公司债务承担连带责任。

2. 已出资股东的清算分配权
   公司清算时，股东有权按照实缴出资比例分配剩余财产（《公司法》第186条）。若股东已全额实缴，其分配比例以实缴资本为准，而非认缴资本。例如：

• 甲认缴100万（实缴100万），乙认缴200万（实缴50万），公司剩余财产150万，则甲可分配100万（100/150），乙分配50万（50/150）。
  注意：若章程另有约定分配比例，需优先遵循章程约定。

1. 未到期出资的加速到期风险
   即使股东已部分出资，若公司清算时存在未到期认缴出资，根据《九民纪要》第6条，在特定情形下（如公司债务不能清偿且具备破产原因），未到期出资可能被加速到期，股东需提前缴纳剩余出资用于清偿债务。但已按期缴纳的部分不受影响。

2. 实务建议

• 留存出资证据：保存出资凭证、验资报告、公司章程等文件，证明已履行出资义务。
  
• 关注清算程序合法性：若发现清算组未依法通知债权人或存在其他违法行为，可向法院申请强制清算或追究清算组成员责任。
  
• 警惕抽逃出资风险：避免通过虚构交易、关联方转账等方式抽回出资，否则可能面临行政处罚或刑事责任。

总结：已足额出资的股东在清算时通常无需额外担责，但需确保出资程序合法合规，并关注清算分配的公平性。若涉及复杂情形（如抽逃出资、加速到期等），建议进一步提供具体细节，我会为您详细分析。