针对员工违反规定的情况，处理方式需依据具体的规定和违规行为的性质、情节以及危害程度来综合判断。以下是一些一般性的处理原则和步骤，同时结合您提供的参考信息中的相关内容来进行详细说明：
一、明确违规行为的性质和类别
首先，需要明确员工违反的是哪一类规定，比如是违反政治纪律、组织人事纪律、工作纪律、廉洁从业纪律、财经纪律、职业道德还是社会公德等。根据修订后的《事业单位工作人员处分规定》，这些方面都有明确的违规行为界定和相应的处分种类。
二、依据规定确定处分种类
对于事业单位中从事管理的人员：
- 适用政务处分法规定的六种处分种类，包括警告、记过、记大过、降级、撤职和开除。
对于事业单位中其他人员：
- 适用四种处分种类，包括警告、记过、降低岗位等级和开除。
三、根据情节轻重确定具体处分
- 对于轻微的违规行为，如初次违反且情节较轻，可能给予警告或记过处分。
- 对于较重的违规行为，如多次违反或情节较重，可能给予记大过、降级或降低岗位等级处分。
- 对于严重的违规行为，如造成重大损失或恶劣影响，可能给予撤职或开除处分。
四、规范处分权限与程序
- 处分工作应规范、有序进行，确保事实清楚、证据确凿、定性准确、处理恰当、程序合法、手续完备。
- 处分决定应由有权机关或部门作出，并告知受处分人员其申诉和复核的权利。
五、结合实际情况制定具体办法
- 教育、科研、文化、医疗卫生、体育等部门可以结合自身工作的实际情况，与中央事业单位人事综合管理部门联合制定具体办法，以更贴合行业特点地处理违规行为。
六、参考具体违规行为案例
- 以违反机构编制管理规定为例，根据《中国共产党纪律处分条例》第一百三十四条，擅自超出“三定”规定范围调整职责、设置机构、核定领导职数和配备人员等行为，将受到相应的党纪处分。
- 类似地，其他违规行为也有具体的法规条款进行界定和处罚。
七、保障受处分人员的合法权利
- 规定还专章规定了复核、申诉的救济途径，确保受处分人员在认为处分不当时有途径进行申诉和复核。
实际操作建议
- 调查核实：在接到员工违规的报告后，应立即进行调查核实，收集相关证据。
- 听取陈述：在作出处分决定前，应听取受处分人员的陈述和申辩。
- 作出决定：根据调查结果和规定，作出恰当的处分决定。
- 告知权利：将处分决定告知受处分人员，并告知其申诉和复核的权利。
- 执行与监督：确保处分决定得到有效执行，并对执行情况进行监督。
综上所述，处理员工违反规定的情况需要依据具体规定、违规行为的性质和情节以及危害程度来综合判断，并遵循规范、有序的处分权限与程序。同时，应充分保障受处分人员的合法权利，确保处理结果的公正性和合理性。