司法鉴定机构成立运营多年后才办理工商营业执照的，其成立时间原则上应以工商营业执照登记的日期为准，但需结合具体情况综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 法律形式要件角度
   根据《公司法》及相关登记管理条例，工商营业执照是市场主体合法存在的法定凭证，其登记日期具有公示公信效力。若机构在运营多年后才补办营业执照，从法律形式要件看，其成立时间应认定为营业执照登记日期。此前未登记期间的行为可能被认定为“无照经营”，需承担相应行政责任（如罚款、没收违法所得等），但不影响营业执照登记日期的法律效力。

2. 实际运营事实角度
   若机构在未办理营业执照期间已实际开展司法鉴定业务，并具备以下条件：

   • 已取得司法行政机关颁发的《司法鉴定许可证》（若属必须前置审批的行业）；
     
   • 有稳定的办公场所、设备及专业人员；
     
   • 已对外签订合同、开具发票或接受委托；
     
   • 司法行政机关未对其无照经营行为作出否定性评价（如未吊销许可证或行政处罚）。
     在此情况下，机构可能主张以实际开始运营的日期为“事实成立时间”，但需通过司法鉴定档案、合同、财务记录等证据证明。不过，这一主张在法律上存在争议，需结合具体案件事实和法院裁判观点综合判断。

3. 行政许可与登记的衔接角度
   若司法鉴定机构属于需经司法行政机关审批后方可设立的特殊主体（如《司法鉴定机构登记管理办法》规定的情形），其成立时间可能涉及两层认定：

   • 行政许可层面：以司法行政机关批准设立的日期为准（如颁发《司法鉴定许可证》的日期）；
     
   • 工商登记层面：以营业执照登记日期为准。
     若机构先取得行政许可后运营，再补办工商登记，其“成立时间”可能因用途不同而存在差异：例如，在涉及诉讼主体资格认定时，以工商登记日期为准；在涉及专业资质认定时，以行政许可日期为准。

4. 实务建议

   • 补办登记前的风险：未办理营业执照期间的行为可能被认定为无效或可撤销，建议机构尽快完善登记手续，并保留运营期间的证据（如合同、鉴定报告、纳税记录等）；
     
   • 时间认定争议解决：若因成立时间问题产生纠纷（如股权争议、合同效力争议），可委托律师向工商部门申请出具登记档案查询证明，或通过司法鉴定程序确认运营起始时间；
     
   • 合规运营：司法鉴定机构应严格遵守《司法鉴定机构登记管理办法》及《公司法》规定，确保行政许可与工商登记同步完成，避免法律风险。

总结：司法鉴定机构的成立时间原则上以工商营业执照登记日期为准，但若能证明实际运营事实且未被行政机关否定，可能存在例外情形。具体需结合行业规定、证据情况及司法实践综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询。