土地房屋征收程序违法的诉讼时效问题，需根据被侵害的权利类型及法律规定来确定，具体如下：

1. 行政诉讼时效：

   • 一般规定：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。这意味着，如果土地房屋征收程序违法，被征地人或其他相关权利人在知道或应当知道该违法行为之日起六个月内，可以向法院提起行政诉讼。
   • 最长保护期限：同样根据《行政诉讼法》第四十六条第二款，因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。这一规定为土地房屋征收程序违法的诉讼设定了最长保护期限。

2. 民事诉讼时效（针对补偿安置争议）：

   • 如果土地房屋征收程序违法导致补偿安置争议，且该争议属于民事纠纷范畴，则可能适用《中华人民共和国民法典》中关于诉讼时效的规定。
   • 一般情况下，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，从权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。

3. 诉讼时效的起算点：

   • 行政诉讼时效的起算点通常是公民、法人或其他组织“知道或应当知道”行政机关作出行政行为之日。
   • 民事诉讼时效的起算点则是权利人“知道或应当知道”其权利受到损害以及义务人之日。

4. 特殊情况下的诉讼时效处理：

   • 如果被征地农民在土地房屋征收程序违法后一直不知道自己的权利受到侵害，且没有超过最长诉讼时效期间（如二十年或五年），则仍有可能通过法律途径维护自己的权益。
   • 在某些情况下，如果土地房屋征收程序违法导致被征地农民无法及时行使诉权（如因不可抗力或其他正当理由耽误法定申请期限），被征地农民可以在障碍消除后的十日内向人民法院申请延长期限。

法律建议：

• 如果您认为土地房屋征收程序违法，并希望提起诉讼，建议尽快咨询专业律师，以准确判断诉讼时效的起算点和剩余时间。
• 同时，收集并保存好所有与征收程序相关的证据，如公告、听证记录、审批手续、补偿安置方案等，以便在诉讼中证明自己的权益受到侵害。

可能法律后果：

• 如果未在诉讼时效期间内提起诉讼，您可能会丧失通过法律途径维护自己权益的机会。
• 如果提起诉讼但证据不足或诉讼时效已过，法院可能会驳回您的诉讼请求。

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